工厂不付运费时，承运方一般不可以直接扣货，但在特定条件下可能享有留置权。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先
   若运输合同中明确约定“工厂逾期支付运费时，承运方有权扣留货物直至运费结清”，则该条款可能有效（需符合《民法典》第497条关于格式条款效力的规定）。此时承运方扣货属于合同约定的救济方式，但需注意：

   • 条款不得显失公平（如运费金额与货物价值严重失衡）；
     
   • 扣货后需及时通知工厂，避免扩大损失。

2. 法定留置权的行使
   根据《民法典》第447条，承运方在满足以下条件时可留置货物：

   • 债权已到期：运费支付期限已届满；
     
   • 合法占有货物：货物仍在承运方控制下；
     
   • 债权与货物属同一法律关系：即运费债务与运输的货物直接相关（如工厂委托运输A货物，但未支付A货物的运费）。
     例外：若货物属于易腐、易变质或季节性商品，留置可能导致价值大幅贬损的，法院可能不支持留置权。

3. 扣货的合法性边界
   即使享有留置权，承运方也需遵守以下规则：

   • 妥善保管货物：因保管不善造成货物毁损的，需承担赔偿责任；
     
   • 及时主张权利：留置后应在合理期限内通过诉讼或仲裁要求工厂支付运费，否则可能丧失优先受偿权；
     
   • 不得滥用权利：若工厂已提供担保（如保证金、其他财产抵押），承运方应解除留置。

4. 违法扣货的法律后果
   若承运方无合法依据扣货，可能构成：

   • 侵权责任：需赔偿工厂因扣货导致的损失（如货物市场价格下跌、违约赔偿等）；
     
   • 行政处罚：若扣货行为扰乱市场秩序，可能面临工商部门处罚；
     
   • 刑事风险：在极端情况下（如扣货后索要高额“赎金”），可能涉嫌敲诈勒索罪。

建议行动步骤：

1. 核查运输合同条款，确认是否有扣货约定；
   
2. 评估是否符合法定留置权行使条件；
   
3. 优先通过协商、发送律师函等方式催告支付；
   
4. 若协商无果，及时向法院申请财产保全或提起诉讼，避免自行扣货引发法律风险。
   

如有进一步细节（如合同内容、货物性质等），可向我补充说明，我会为您分析具体操作方案。