发现员工入职两家公司是否违法，这个问题不能一概而论，需要分情况讨论：
一、未与两家公司均建立劳动关系的情形
兼职情况：
- 如果员工在一家公司担任全职工作，同时在另一家公司从事非全日制（如兼职）工作，且该兼职行为不违反原公司的规章制度或劳动合同中的竞业限制条款，那么这种行为通常不构成违法。
- 举例：某人在一家科技公司担任软件工程师的全职工作，同时利用业余时间在某在线教育平台担任编程讲师的兼职工作。只要这种兼职行为不影响其全职工作的正常进行，且不违反科技公司的相关规定，就是合法的。
劳务关系：
- 员工可能与一家公司存在劳动关系，而与另一家公司仅存在劳务关系。劳务关系通常不涉及社保缴纳等劳动关系特有的内容，因此不构成双重劳动关系。
- 举例：某人在一家企业担任正式员工的同时，为另一家企业提供临时的咨询服务，并签订劳务合同，明确双方的权利和义务。这种情况下，也不构成违法。
二、与两家公司均建立劳动关系的情形
如果员工与两家公司均签订了劳动合同，建立了正式的劳动关系，那么这种情况可能涉及违法问题，具体需考虑以下几点：
法律禁止性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，虽然并未直接禁止劳动者同时与多家用人单位建立劳动关系，但强调了劳动合同的履行和劳动者的忠实义务。
- 如果劳动者因同时与其他用人单位建立劳动关系而对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出后拒不改正，用人单位有权解除劳动合同。
社会保险缴纳问题：
- 在实践中，由于社会保险账户的唯一性，员工很难同时为两家公司缴纳社保。这可能导致其中一家公司无法为员工缴纳社保，从而引发劳动争议和法律风险。
- 如果员工试图通过隐瞒或欺骗手段在两家公司都缴纳社保，一旦被发现，将面临法律责任。
竞业限制和保密义务：
- 如果员工在两家公司的工作内容涉及商业秘密或竞业限制条款，那么同时任职可能会违反这些条款，导致法律纠纷。
实际影响和工作冲突：
- 即使法律没有明确规定禁止双重劳动关系，但如果员工因同时服务于两家公司而无法充分履行对任何一家的职责，或者导致工作效率低下、质量下降等问题，也可能被视为违反了职业道德和劳动法的基本原则。
三、企业应对策略
事实核查与法律评估：
- 企业应通过考勤记录、工作成果交付时间、第三方举报等渠道固定证据，确认员工是否确实存在同时入职两家公司的情况。
- 审查劳动合同中是否包含竞业限制、保密义务或全职工作要求等条款，评估员工的违约程度。
沟通与处理方案：
- 企业可以私下约谈员工，以“关心职业发展”为切入点，要求员工说明情况并限期整改（如选择一家公司全职）。
- 如果员工拒绝配合，企业可以发出《违纪通知书》，明确违规后果（如扣减奖金、降职）。
- 对于情节严重者，企业可以提出协商解除劳动合同，并按法律规定支付经济补偿金。
制度完善与预防机制：
- 企业应加强入职背景审查，增加离职证明核验、社保缴纳记录查询等环节。
- 在劳动合同中明确禁止兼职，并约定违约金（需注意合法性）。
- 建立定期抽查机制，通过考勤系统、项目汇报频率等方式监控异常行为。
总结与建议：员工同时入职两家公司是否违法，取决于其是否与两家公司均建立了劳动关系，以及这种多重工作关系是否违反了法律法规或公司的规章制度。企业在发现此类情况时，应首先进行事实核查与法律评估，然后根据实际情况采取沟通与处理方案，并完善相关制度以预防类似事件的发生。如果你或你的企业遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。