结论：员工擅自离职且未办理离职手续，最后一月工资未结清是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，用人单位不得无故拖欠员工工资，即使员工擅自离职，用人单位也应按照法律规定和劳动合同约定结清工资。
分析说明：
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是用人单位的法定义务，不因员工擅自离职而免除。
擅自离职的影响：
- 员工擅自离职可能违反了劳动合同的约定或用人单位的规章制度，但这并不构成用人单位拖欠工资的合法理由。用人单位可以依据劳动合同或规章制度对员工进行相应的纪律处分，如警告、罚款（需符合法律规定）、解除劳动合同等，但不能以此为由拖欠工资。
工资结清的方式：
- 即使员工擅自离职，用人单位也应通过合法途径结清工资，如通过银行转账、现金支付等方式，并保留好支付凭证。如果员工拒绝领取或无法联系，用人单位可以依法将工资提存至相关部门或按照法律规定处理。
可能的法律后果：
- 如果用人单位无故拖欠员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及可能的经济补偿。同时，用人单位还可能面临行政处罚或法律责任。
特殊情况说明：
- 如果员工擅自离职给用人单位造成了经济损失，用人单位可以依据劳动合同或法律规定要求员工赔偿。但这与工资支付是两个独立的法律关系，用人单位不能因此拒绝支付工资。赔偿问题应通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决。
行动建议：
对于员工：
- 如果您擅自离职后未收到最后一月工资，建议首先与用人单位协商解决。
- 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 如果员工擅自离职，建议您及时与员工沟通，了解离职原因并尝试协商解决工资支付问题。
- 如果员工拒绝沟通或无法联系，建议您按照法律规定结清工资，并保留好支付凭证。同时，您可以依据劳动合同或规章制度对员工进行相应的纪律处分。
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