当公司员工入股后选择辞职，其股份的处理是一个需要综合考虑多方面因素的问题。以下是对这一问题的详细解答，旨在为您提供清晰、全面且具有深度的指导。
一、处理原则
员工入股后辞职，其股份的处理应遵循“有约定从约定，无约定依法定”的原则。这意味着，首先应查看员工入股时签订的相关协议（如入股协议、股权激励协议）以及公司章程中是否有关于离职时股份处理的具体规定。若存在明确约定，则应按照约定执行；若无约定或约定不合法，则需依据相关法律法规进行处理。
二、依据双方约定处理
查阅协议和章程：
- 仔细审查员工入股时签订的入股协议、股权激励协议以及公司章程，明确其中关于离职时股份处理的条款。
具体约定情形：
- 股权回购：若协议或章程规定公司或其他股东有权回购离职员工的股权，应明确回购条件、价格及支付方式等，并按照约定执行。
- 股权保留：若约定员工离职后股权仍保留，则员工继续享有股东权利，如分红权、表决权等，并承担相应的股东义务。
- 股权强制转让：若规定员工离职时必须将股权转让给特定股东或第三方，应明确转让条件、价格及转让程序等，并依约执行。
三、依法处理（无约定或约定不合法时）
协商解决：
- 在没有明确约定或约定不符合法律法规的情况下，公司、其他股东与离职员工应通过协商寻求解决方案。协商时应考虑员工的贡献、公司发展情况、股权价值等因素，确保方案公平合理。
遵循法律法规：
- 若协商不成，应依据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规处理。根据《公司法》规定，有限责任公司的股东向股东以外的人转让股权时，其他股东在同等条件下有优先购买权。此外，对于公司董事、监事、高级管理人员，离职后半年内不得转让其所持有的本公司股份。
- 在符合法定条件的情况下（如公司连续五年盈利且不分配利润等），公司也可以回购离职员工的股权。但需注意，公司回购股权需满足严格的法定条件，并经过相应的决策程序。
特殊情况处理：
- 在公司即将上市、进行重大资产重组等特殊情况下，员工离职时股权的处理方式可能受特定规定或政策影响。此时应咨询专业律师或相关机构以获取具体法律意见，确保处理方式的合法性和合规性。
四、办理相关手续
无论采取哪种处理方式，都需办理相应的股权变更手续，以确保股权的转移或调整得到法律上的认可。具体手续包括：
- 签订股权转让协议（如涉及股权转让）；
- 修改公司章程（如涉及股权结构变更）；
- 办理工商登记变更手续，将股权变更情况登记在册。
五、操作建议
- 离职员工：在决定如何处理股份前，应仔细查阅入股协议、公司章程及相关法律法规，明确自己的权利和义务。如有疑问或需要法律帮助，可咨询专业律师。
- 公司：应制定合理的股权处理方案，确保处理过程透明、公正，并充分保障员工的合法权益。同时，加强与员工的沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 争议解决：若在处理过程中产生争议或纠纷，建议及时寻求专业律师的帮助，通过协商、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
综上所述，员工入股后辞职其股份的处理需综合考虑多方面因素，确保处理方式的合法性和合规性，以维护双方的合法权益。希望以上解答能对您有所帮助。