结论：借条上写明借款40万，但只有20万有转账记录或其他合法证据支持，这种情况下，借条的合法性及可执行性会受到质疑，具体需根据实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律背景与原则
在民间借贷纠纷中，借条是证明借贷关系存在的重要证据。然而，借条上的金额必须与实际发生的借贷行为相一致，才能被法院认可并作为判决的依据。如果借条上的金额与实际转账记录或其他证据不符，法院在审理时会进行细致审查，以确定真实的借贷金额。
二、不同情况下的法律分析
仅有部分转账记录：
- 如果借条上写明借款40万，但只有20万有转账记录，而另外20万没有相应的转账记录或其他合法证据（如现金收据、证人证言等）支持，那么法院在审理时可能会认定只有20万的借贷关系成立。
- 在这种情况下，借款人只需对有证据支持的20万承担还款责任，而出借人则需承担另外20万无法证明借贷关系存在的风险。
存在其他合法证据：
- 如果除了转账记录外，还有现金收据、证人证言等其他合法证据能够证明另外20万的借贷关系存在，那么法院在审理时可能会综合考虑这些证据，并认定借条上的全部金额（40万）均有效。
- 然而，这种情况下，出借人需要承担较高的举证责任，以证明另外20万的借贷关系确实存在且合法。
借条存在瑕疵或虚假：
- 如果借条存在明显的瑕疵（如涂改、伪造等）或被证明是虚假的，那么法院在审理时可能会直接否定借条的合法性，并要求出借人承担举证不能的法律后果。
- 在这种情况下，借款人无需对借条上的任何金额承担还款责任。
三、法律建议
对于出借人：
- 在签订借条时，应确保借条上的金额与实际转账记录或其他合法证据相一致，以避免后续纠纷。
- 如果涉及大额现金借贷，应要求借款人出具现金收据或寻找无利害关系的第三人作为证人，以证明借贷关系的存在。
对于借款人：
- 在签订借条前，应仔细核对借条上的金额与实际借款金额是否一致，避免被出借人利用借条进行欺诈。
- 如果发现借条上的金额与实际借款金额不符，应及时与出借人沟通并修改借条，或拒绝签订借条。
四、可能的法律后果
- 如果法院认定只有部分金额（如20万）的借贷关系成立，那么借款人只需对这部分金额承担还款责任，而出借人则可能面临部分借款无法追回的风险。
- 如果借条被证明是虚假的或存在重大瑕疵，那么出借人可能面临法律制裁，如罚款、拘留等，同时借款人则无需承担任何还款责任。
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