协商解除劳动合同补偿标准按本薪计算赔偿是否违法，需分情况讨论：
若用人单位提出协商解除劳动合同：
- 补偿标准：根据《劳动合同法》的规定，用人单位应按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。这里的“月工资”是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，而非仅指基本工资或本薪。因此，如果仅按本薪（基本工资）计算，而忽略了奖金、津贴、补贴等收入，则可能违法。
- 特殊情况：若劳动者月工资高于所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
若劳动者提出协商解除劳动合同：
- 一般情况下：劳动者提出协商解除劳动合同的，用人单位无需支付经济补偿。因此，在这种情况下，讨论按本薪计算赔偿是否违法没有意义。
- 例外情况：如果用人单位存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等违法违规行为，导致劳动者以此为由提出协商解除劳动合同的，用人单位仍需按上述用人单位提出解除时的标准支付经济补偿。此时，同样应按照劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资来计算，而非仅按本薪。
法律建议：
- 对于用人单位：在协商解除劳动合同时，应确保经济补偿的计算符合法律规定，即按照劳动者劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资来计算，而非仅按本薪。这样可以避免因违法支付经济补偿而引发的法律纠纷。
- 对于劳动者：在协商解除劳动合同时，应了解自己的权益，确保获得的经济补偿符合法律规定。如果用人单位仅按本薪计算经济补偿，劳动者有权提出异议，并要求用人单位按照法律规定支付经济补偿。
可能法律后果：
- 如果用人单位违法支付经济补偿，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等合法途径来维护自身权益。劳动仲裁机构或法院在审理此类案件时，会依据相关法律法规来判断用人单位是否违法支付经济补偿，并作出相应的裁决或判决。
总结：协商解除劳动合同补偿标准应按劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资来计算，而非仅按本薪。用人单位和劳动者在协商解除劳动合同时，应确保经济补偿的计算符合法律规定，以避免法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。