关联公司将费用发票开给子公司是否合法，需分情况讨论，关键在于业务实质与发票开具的一致性。具体分析如下：

1. 若业务真实发生且符合商业逻辑，则合法
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，应向付款方开具发票。若关联公司与子公司之间存在真实交易（如关联公司为子公司提供服务、销售货物等），且交易价格符合独立交易原则（即市场公允价格），则发票开具行为合法。例如：子公司委托关联公司进行市场调研，关联公司完成服务后向子公司开具发票，符合税法规定。

2. 若业务不真实或存在利益输送，则可能违法
   若关联公司与子公司之间无实际交易，仅通过开具发票转移利润、虚增成本或逃避税收（如关联公司无偿为子公司承担费用，或通过不合理定价将利润留在低税率地区），则可能涉及以下违法情形：

   • 虚开发票：根据《刑法》第二百零五条，为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开发票的，可能构成虚开发票罪，需承担刑事责任。
     
   • 偷逃税款：若通过发票开具人为调整利润，导致关联公司或子公司少缴企业所得税、增值税等，税务机关可追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款（《税收征收管理法》第六十三条）。
     
   • 转移利润规避监管：若涉及跨境交易，可能被认定为利用关联交易逃避外汇管理或反避税调查，需承担行政责任。

3. 实务建议

   • 确保业务真实性：保留合同、付款记录、服务成果等证据，证明交易真实发生。
     
   • 定价符合独立交易原则：避免通过不合理定价转移利润，可参考同类交易市场价格。
     
   • 完善内部审批流程：关联交易需经公司内部决策程序（如董事会决议），避免个人决策导致风险。
     
   • 定期税务合规审查：建议企业每年对关联交易进行税务健康检查，确保符合税法规定。

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