结论：母公司给子公司开具自存服务费发票是否合法，需分情况讨论，关键在于交易真实性、发票合规性及税务处理合理性。以下从法律和税务角度展开分析：

1. 交易真实性是核心前提

• 若母公司确实向子公司提供了真实、可量化的服务（如管理咨询、技术支持、共享服务等），且服务内容、价格符合市场公允水平，则开具服务费发票具有合法性基础。
• 风险点：若交易为虚构（如无实际服务内容、服务价格明显偏离市场），可能被认定为“虚开发票”，涉嫌违反《发票管理办法》第二十二条，面临税务处罚（如罚款、没收违法所得），情节严重可能构成刑事犯罪（《刑法》第二百零五条）。

2. 发票合规性要求

• 母公司需按《发票管理办法》及实施细则开具发票：
  • 内容真实：发票项目需与实际服务一致（如“管理服务费”而非“咨询费”若实际不符）；
  • 形式合规：使用税务机关监制的发票，按规定的时限、顺序、栏目开具；
  • 资料留存：需保存服务合同、付款记录、服务成果等证明材料，以备税务检查。
• 风险点：若发票内容与实际不符（如虚构服务项目）、未按规定开具或保存资料，可能被认定为“不合规发票”，导致子公司无法税前扣除，母公司面临行政处罚。

3. 税务处理合理性

• 企业所得税：子公司需将服务费作为成本或费用列支，但需满足“真实性、相关性、合理性”原则。若税务机关认为价格不公允（如明显高于市场价），可能调整应纳税所得额。
• 增值税：母公司需按服务类型缴纳增值税（如6%税率），子公司可抵扣进项税。若母公司未纳税或子公司未抵扣，可能引发税务风险。
• 关联交易定价：若母子公司为关联方，需符合独立交易原则（《企业所得税法》第四十一条）。若定价不合理，税务机关可进行特别纳税调整，补征税款并加收利息。

4. 特殊情形：集团内部服务

• 若服务属于集团内部常规支持（如财务、人事共享），且符合以下条件，合法性更高：
  • 签订书面服务协议，明确服务内容、价格、期限；
  • 价格参考市场水平或独立第三方评估；
  • 按期结算并开具合规发票；
  • 保留服务记录（如邮件、会议纪要）作为佐证。

建议

1. 事前审查：确保服务真实发生，价格公允，合同、发票、付款记录“三流一致”；
2. 合规操作：按税务规定开具和保管发票，避免虚构交易或内容不符；
3. 留存证据：保存服务成果、沟通记录等材料，应对潜在税务检查；
4. 咨询专业意见：若涉及复杂交易或跨境服务，建议提前规划税务架构。

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