结论前置：
- 一般情况下，若违法行为没有持续状态且超过两年未被发现，则不再给予行政处罚。
- 但若违法行为具有继续状态，或涉及公民生命健康安全且有危害后果，则可能面临行政处罚，即使超过两年。
详细分析：
一、一般情况下的处罚时效
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。这一规定适用于大多数一般的违法行为，包括建设工程未竣工验收即投入使用的情况，如果该行为没有持续状态，且自行为发生之日起超过两年未被行政机关发现，那么通常不再给予行政处罚。
二、特殊情况下的处罚时效
违法行为具有继续状态：
- 如果建设工程一直未经竣工验收但持续被使用，那么这种行为就属于违法行为有继续状态。根据《行政处罚法》的规定，违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算追诉时效。因此，在这种情况下，无论经过多少年，只要该继续状态未结束，行政机关均可依法进行处罚。
涉及公民生命健康安全且有危害后果：
- 如果未经验收的建设工程投入使用后，造成了如人员伤亡、建筑物结构安全隐患等危害后果，那么这种行为就涉及公民生命健康安全，并且具有危害后果。根据《行政处罚法》的规定，涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追诉期限延长至五年。即只要在五年内被发现，行政机关仍可依法作出处罚。
三、实际法律应用与建议
- 法律责任：即使工程已经投入使用超过两年，如果当初未经竣工验收就擅自使用的情况被查实，且符合上述特殊情况之一，建设单位仍然有可能面临责令停止使用、罚款等行政处罚，并需承担可能因工程质量问题导致的赔偿责任。
- 应对策略：如果建设单位面临此类情况，建议尽快向我咨询，了解具体的法律风险，并制定相应的应对策略。例如，可以评估是否构成继续状态或是否涉及公民生命健康安全且有危害后果，从而判断是否可能面临行政处罚。
- 未来合规建议：为避免不必要的法律风险和经济损失，建设单位在未来的项目中应严格遵守相关法律法规，确保工程按照规定的程序进行竣工验收后再投入使用。这不仅可以避免行政处罚，还可以保障工程的质量和安全，维护建设单位的声誉和利益。
总结：建设工程未竣工验收即投入使用是违反法律法规的行为，其是否面临行政处罚取决于违法行为的性质、是否持续以及是否造成危害后果。因此，建设单位应高度重视工程的竣工验收工作，确保合法合规地进行工程建设和使用。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。