结论：未取得施工许可证施工已经超过两年，行政机关仍可能进行行政处罚，但具体是否处罚需结合实际情况判断。以下从法律背景、处罚可能性、判例参考三个角度进行详细分析。
1. 法律背景
根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条的规定，未取得施工许可证擅自施工的，由县级以上人民政府建设行政主管部门责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。该条款并未设定处罚的时效限制，即只要违法行为存在（未取得施工许可证施工），行政机关原则上均有权查处。
同时，根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。但需注意，该条款中的“二年”或“五年”是从“违法行为发生之日”或“违法行为终了之日”起算。若施工行为持续超过两年（如未取得许可证长期施工），则可能被认定为“连续或继续状态”，此时行政处罚的时效从行为终了之日起计算，而非从行为开始之日起计算。
2. 处罚可能性分析
若施工行为已终止超过两年：
若施工行为在两年前已停止（如工程已完工），且行政机关在两年内未发现违法行为，则根据《行政处罚法》第三十六条，行政机关原则上不得再处罚。但需注意，若施工行为涉及公民生命健康安全或金融安全（如大型公共建筑、桥梁等），且存在危害后果，则时效延长至五年。
若施工行为持续超过两年：
若施工行为一直持续（如未取得许可证长期施工），则属于“连续或继续状态”，行政处罚的时效从行为终了之日起计算。此时，即使施工行为已超过两年，行政机关仍有权查处。
行政机关的自由裁量权：
即使违法行为未超过处罚时效，行政机关仍可能根据具体情节（如是否主动补办许可证、是否造成严重后果等）决定是否处罚或从轻、减轻处罚。
3. 判例参考
案例1：
某法院判决中明确，未取得施工许可证施工属于持续违法行为，行政处罚的时效从行为终了之日起计算。本案中，施工单位未取得许可证施工长达三年，行政机关在第三年发现后予以处罚，法院支持了行政机关的处罚决定。
案例2：
另一案例中，施工单位未取得许可证施工，但工程在一年内完工且未造成危害后果。行政机关在两年后发现并欲处罚，法院认为违法行为已终止超过两年，且无危害后果，行政机关不得再处罚。
4. 建议
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