结论：单位对员工年度考核不合格扣除40%绩效是否违反劳动法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 绩效考核与工资扣除的合法性基础

• 劳动合同或规章制度约定：根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位可依法制定规章制度，对员工进行绩效考核，并根据考核结果调整工资或奖金。但前提是：
  • 规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商）；
  • 已向员工公示或告知；
  • 考核标准明确、合理，且与工作内容相关。
• 若单位未履行上述程序，或考核标准模糊、随意，则扣除绩效可能被认定为违法，员工可主张补发工资或要求赔偿。

2. 扣除比例的合理性

• 法律未明确规定具体比例，但扣除后工资不得低于当地最低工资标准。例如：
  • 若员工月工资为5000元，扣除40%绩效后剩余3000元，需确保3000元≥当地最低工资（如2280元/月，以上海为例）；
  • 若扣除后低于最低工资，单位需补足差额，否则构成违法。
• 计算公式：
  $\( \text{扣除后工资} = \text{原工资} - \text{绩效扣除部分} \)\( 需满足： \)\( \text{扣除后工资} \geq \text{当地最低工资标准} \)$

3. 考核结果与工资扣除的关联性

• 单位需证明考核不合格与工资扣除的直接关联。例如：
  • 考核标准是否与岗位职责匹配（如销售岗位以业绩为考核依据）；
  • 考核过程是否客观、公正（如是否有书面记录、员工签字确认）；
  • 扣除绩效是否与考核结果成比例（如轻微不合格扣除10%，严重不合格扣除40%）。
• 若单位无法证明关联性，员工可主张扣除行为缺乏合理性，要求返还工资。

4. 员工救济途径

• 协商：与单位沟通，要求说明考核依据及扣除理由；
• 投诉：向当地劳动监察大队举报（如单位未公示规章制度、考核程序违法）；
• 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁，主张单位违法扣除工资，要求补发差额及经济补偿。

5. 特殊情形提示

• 试用期员工：考核不合格需符合《劳动合同法》第39条“不符合录用条件”的规定，否则不得随意解除合同或扣工资；
• 医疗期、工伤期员工：单位不得以考核不合格为由扣除工资或解除合同。

建议：若您遇到此类情况，可先核对单位规章制度是否合法、考核程序是否公正、扣除后工资是否达标。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况进一步分析。