当公司发现多发工资而员工拒不退还时，这确实是一个需要妥善处理的问题。首先，我们要明确的是，员工无正当理由占有公司多发的工资，在法律上构成“不当得利”，应当予以返还。针对您提出的“可以报警吗”这一问题，以下是我的详细解答：

一、报警的合理性与法律依据

虽然多发工资主要属于民事纠纷范畴，但若员工的行为涉嫌侵占，即明知工资多发却故意占有且拒不退还，且数额达到一定标准（一般认定为1万元以上，具体标准可能因地区而异），那么公司有权根据《中华人民共和国刑法》第二百七十条的规定报警。警方在接到报警后，会进行调查，并在必要时协助公司追回多发的工资。

二、报警前的建议步骤

1. 内部沟通协商：

   • 公司应首先尝试与员工进行友好沟通，明确告知工资多发的事实，并要求其退还多余部分。
   • 通过书面形式（如邮件、通知）固定沟通证据，以便后续争议处理。

2. 发送催告函：

   • 若协商无果，公司可考虑委托律师发送催告函，正式要求员工限期返还款项。
   • 催告函具有法律效力，可作为后续法律行动的依据。

3. 保留相关证据：

   • 公司应保存好工资发放记录、银行转账凭证、与员工的沟通记录等材料。
   • 证据的完整性对于案件受理和胜诉至关重要。

三、报警后的处理流程

1. 公安机关立案条件：

   • 报警时，公司需提交初步证据材料，证明侵占事实存在。
   • 公安机关会根据“数额较大”等法定要件进行审查，决定是否立案。

2. 刑事追责与民事索赔并行：

   • 若刑事案件立案，公司可在刑事案件审理期间同时提起民事诉讼，主张损失赔偿。
   • 刑事追责与民事索赔互不冲突，但需注意诉讼时效问题。

四、其他解决途径

除了报警外，公司还可以考虑以下途径：

1. 提起民事诉讼：

   • 若协商和催告均无果，公司可收集相关证据，向人民法院提起民事诉讼。
   • 法院会依据事实和法律作出公正判决，要求员工返还不当得利。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 公司还可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位进行调查、责令改正，并依法对其作出处罚。

3. 企业内部纪律处分：

   • 根据公司规章制度，对涉事员工进行警告、辞退等处理（需确保制度合法合规，处理程序符合劳动法规定）。

五、预防与管理建议

为避免类似问题的发生，公司应加强内部管理，完善工资核算和发放流程。例如，建立严格的工资审核制度、加强员工培训与教育、定期核查工资发放情况等。

综上所述，当公司多发工资而员工拒不退还时，公司有权报警处理，但在此之前应尝试内部沟通协商、发送催告函并保留相关证据。同时，公司还可以考虑提起民事诉讼、向劳动监察部门投诉或采取企业内部纪律处分等措施。希望这些建议能对您有所帮助。