结论：九十年代国企改制违规但政府批准了，并不意味着该行为就完全合法；对于此类情况，是否可以提出行政诉讼，需根据具体情况来判断。

详细分析：

1. 政府批准与行为合法性的关系：

   • 政府批准是行政行为的一种，它通常意味着政府对某一事项的认可或同意。然而，政府批准并不总是等同于行为的完全合法性。如果国企改制过程中存在违反法律法规、侵犯他人权益或损害公共利益的行为，即使政府批准了，该行为也可能因违法而无效或可撤销。
   • 特别是当改制行为涉及国有资产处置、职工权益保护等敏感领域时，政府批准必须严格遵循相关法律法规和程序要求。如果批准过程中存在违法违规行为，如未进行充分评估、未征求相关利益方意见等，那么该批准行为本身也可能受到质疑。

2. 行政诉讼的可行性：

   • 行政诉讼是公民、法人或其他组织认为行政机关的行政行为侵犯其合法权益时，依法向人民法院提起诉讼，由人民法院依法审理并作出裁判的活动。
   • 对于九十年代国企改制违规但政府批准的情况，如果相关利益方（如原国企职工、国有资产管理部门等）认为该批准行为侵犯了其合法权益，且该批准行为属于行政诉讼的受案范围（如涉及具体行政行为的合法性审查），那么他们可以向人民法院提起行政诉讼。
   • 然而，需要注意的是，由于时间久远，可能存在证据收集困难、法律适用变化等问题。因此，在提起行政诉讼前，应充分评估案件的可行性和胜诉率。

3. 具体建议：

   • 收集证据：首先，需要收集能够证明国企改制违规和政府批准行为违法的相关证据，如改制文件、政府批复、评估报告等。
   • 咨询专业律师：由于行政诉讼涉及复杂的法律程序和实体问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
   • 考虑时效问题：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，提起行政诉讼有一定的时效限制。因此，在决定提起诉讼前，应了解并遵守相关时效规定。

后续行动建议：

• 如果您认为九十年代国企改制违规且政府批准行为侵犯了您的合法权益，建议您先收集相关证据，并咨询专业律师以评估案件的可行性和胜诉率。
• 根据律师的建议和案件的具体情况，您可以决定是否向人民法院提起行政诉讼以维护自己的合法权益。

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