结论：九十年代国企改制违规，即便政府批准，也不一定合法。其合法性需结合改制时的具体法律法规、政府批准的权限与程序以及改制行为本身是否符合法律规定等多方面因素综合判断。

分析如下：

1. 法律法规的遵循：

   • 国企改制必须严格遵循当时的法律法规。九十年代，我国正处于经济体制转型期，国企改制相关法律法规逐步完善。若改制行为违反了当时的法律、行政法规或政策规定，如未经法定程序审批、未进行资产评估、未妥善安置职工等，则改制行为本身即存在违法性。
   • 政府批准作为行政行为，其合法性同样需以法律法规为依据。若政府批准行为超越了法定权限、违反了法定程序或基于错误的事实认定，则该批准行为可能因违法而无效。

2. 政府批准的权限与程序：

   • 政府批准国企改制需具备相应的法定权限。不同层级、不同部门的政府在国企改制中的审批权限可能有所不同。若政府批准行为超出了其法定权限范围，则该批准行为可能因越权而无效。
   • 政府批准国企改制需遵循法定程序。这包括但不限于申请、受理、审查、决定等环节。若政府批准行为未遵循法定程序，如未进行充分的调查核实、未听取相关利益方的意见等，则该批准行为可能因程序违法而无效。

3. 改制行为本身的合法性：

   • 即便政府批准了国企改制，若改制行为本身存在违法性，如侵占国有资产、损害职工利益等，则该改制行为仍可能因违法而无效。政府批准不能成为违法改制行为的“免罪金牌”。
   • 在判断改制行为合法性时，需综合考虑改制目的、改制方式、改制程序以及改制后的影响等多方面因素。若改制行为旨在优化国有资产配置、提高国企竞争力，且遵循了法定程序、妥善安置了职工，则该改制行为可能具有合法性。

法律建议：

• 若您认为九十年代某国企改制存在违规行为，即便政府已批准，您仍可依法寻求救济。这包括但不限于向相关部门投诉举报、提起行政诉讼或民事诉讼等。
• 在寻求救济前，建议您先收集相关证据材料，如改制文件、政府批准文件、资产评估报告等，以证明改制行为的违法性。
• 鉴于国企改制问题的复杂性和历史性，建议您在寻求救济前咨询专业律师，以便更准确地判断改制行为的合法性并制定有效的维权策略。

可能法律后果：

• 若经查实，国企改制确实存在违规行为且政府批准行为违法，则相关责任人员可能面临行政处分、刑事责任等法律后果。
• 同时，违规改制行为可能被宣告无效或被撤销，相关利益方可能因此获得赔偿或恢复原状等救济。