关于“盘点差异是否应该由员工承担”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：

首先，我们要明确的是，员工是否需要为盘点差异承担责任，主要取决于差异产生的原因以及员工的过错程度。

1. 员工过错程度：

   • 如果盘点差异是由于员工的故意行为或重大过失导致的，比如故意篡改数据、严重疏忽导致货物丢失或损坏等，那么员工很可能需要承担相应的责任。这种责任可能包括赔偿损失、接受纪律处分等。
   • 如果盘点差异是由于员工的轻微过失或无过失导致的，比如正常的操作误差、系统故障等，那么员工通常不需要承担全部责任。在这种情况下，企业应该更多地从管理、流程或技术层面去寻找原因并加以改进。

2. 企业管理因素：

   • 企业作为经营主体，应当承担主要的经营风险。如果盘点差异是由于企业管理不善、流程设置不合理、培训不足或风险管控不到位等原因导致的，那么企业应该自行承担相应的责任，而不是将责任全部转嫁给员工。
   • 例如，如果企业没有建立完善的盘点制度、没有提供必要的培训或监督、没有设置合理的复核机制等，那么这些管理上的漏洞很可能是导致盘点差异的主要原因。

3. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》和相关劳动法规，员工只有在存在故意或重大过失时才可能需要承担赔偿责任，且赔偿比例通常不会过高。
   • 同时，企业也不得通过扣发员工工资等方式来弥补自身的经营损失，这侵犯了员工获得劳动报酬的基本权利。

4. 实际案例参考：

   • 在您提供的第一个案例中，员工因重大过失导致公司损失，但法院在判决时也考虑了企业管理上的漏洞，最终判决员工承担次要责任。
   • 在第二个案例中，公司试图通过扣发员工工资来弥补经营损失，但这一做法被法院认定为无效，因为企业应当自行承担经营风险。

综合建议：

• 对于企业而言，应该建立完善的盘点制度和管理流程，加强员工培训，设置合理的复核和风险管控机制，以预防盘点差异的发生。
• 对于员工而言，应该保持审慎负责的态度，认真履行工作职责，避免因疏忽大意导致盘点差异。同时，也要了解自身权益，对于企业不合理的索赔要求，可以依法维护自身合法权益。

总之，盘点差异的责任划分需要综合考虑多种因素，包括员工的过错程度、企业管理因素以及法律法规依据等。在处理此类问题时，建议企业和员工都保持理性、客观的态度，通过沟通协商或法律途径来妥善解决。