政府棚户区改造中收取企业拆迁保证金是否合法，需分情况讨论：

1. 若政府有明确的法律依据或地方性法规授权：

   • 在某些特定情况下，如果地方政府根据相关法律法规（如《国有土地上房屋征收与补偿条例》的配套政策或地方性法规）制定了具体的征收补偿实施细则，并且这些细则中明确规定了可以收取拆迁保证金作为确保拆迁工作顺利进行的一种措施，那么在符合法定程序和条件的前提下，收取拆迁保证金可能是合法的。但这种情况较为特殊，且必须严格遵循法定程序和条件。

2. 若政府无法提供明确的法律依据或地方性法规授权：

   • 通常情况下，政府棚户区改造中收取企业拆迁保证金缺乏直接的法律依据。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法律法规，政府在进行房屋征收时，应当遵循公平、公正、公开的原则，并给予被征收人合理的补偿。该条例并未规定政府可以收取拆迁保证金。
   • 如果政府在没有明确法律依据的情况下收取拆迁保证金，这可能构成对被征收企业财产权的侵犯，属于不合法的行为。被征收企业有权拒绝缴纳，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 从实践角度和法律原则出发的分析：

   • 法律原则：根据法治原则，政府的行为必须遵循法律的规定，不得超越法律的授权。在没有明确法律依据的情况下，政府不得随意设定和收取费用。
   • 实践角度：在实际操作中，如果政府要求企业缴纳拆迁保证金，企业应当要求政府出具相关的法律依据或政策文件。如果政府无法提供，企业有权拒绝缴纳，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

法律建议：

• 如果您作为被征收企业面临政府要求缴纳拆迁保证金的情况，首先应当要求政府出具相关的法律依据或政策文件。
• 如果政府无法提供，您有权拒绝缴纳，并可以通过法律途径（如行政复议、行政诉讼等）维护自己的合法权益。
• 在此过程中，建议您咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，并制定有效的维权策略。

可能的法律后果：

• 如果政府在没有法律依据的情况下收取拆迁保证金，被征收企业有权要求政府退还已缴纳的保证金，并可能要求政府承担因违法收费造成的损失。
• 如果政府拒绝退还或处理不当，被征收企业可以通过法律途径追究政府的法律责任。