村委会收取建房保证金是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、不合法的情形
违反法律法规：
- 根据《土地管理法》及相关规定，农村村民享有按照规定申请宅基地并建房的权利。宅基地的分配应基于村民的集体经济组织成员身份等法定条件，村委会无权擅自以“建房保证金”为由向村民收取费用。若村委会未经批准擅自设定收费项目，属于乱收费行为，违反了《村民委员会组织法》《土地管理法》等相关法律法规。
- 举例：若村委会在未经村民会议或村民代表会议讨论决定的情况下，擅自决定收取建房保证金，且该费用未用于公共利益，而是被私自挪用或侵占，则此行为明显不合法。
侵犯村民权益：
- 收取建房保证金可能剥夺了经济困难村民公平获得宅基地建房的机会，进而侵犯了其居住权益。高额或不合理的保证金可能给村民造成过大的经济负担，损害其合法权益。
程序不合法：
- 若村委会收取建房保证金未经过村民会议或村民代表会议的讨论和决定，或未进行公示，则收费行为不具备合法性基础。
费用使用不当：
- 若所收保证金未被用于与建房相关的公共基础设施建设、土地整理等公共利益事项，而是被私自挪用或侵占，则此行为同样不合法。
二、可能合法的特殊情形
经合法程序：
- 如果该收费行为已经过村民会议或村民代表会议的充分讨论和决定，并且符合相关法律法规的规定，决策过程公开透明，确保所有村民的知情权和参与权得到保障，则可能具有合法性。
用于公共利益：
- 所收保证金必须明确用于村里的基础设施、公共设施建设或公益事业上，如改善村庄居住环境、统一进行道路、水电等基础设施建设等。费用使用情况需进行公开透明的管理和公示，接受村民的监督。
收费标准合理：
- 收费标准应考虑村民的经济承受能力，避免给村民造成过大的经济负担。例如，可以设定一个合理的上限，或者根据村民的实际经济状况进行差异化收费。
三、应对措施与建议
- 核实收费依据：若村民认为村委会收取建房保证金存在不合法或不合理之处，首先应核实该收费行为是否有明确的法律、法规或政策依据，并遵循了相关程序。
- 向相关部门反映：村民可以向乡镇政府、县级农业农村部门等相关政府部门反映情况，请求调查处理。这些部门具有对村委会行为进行监督和管理的职责。
- 法律途径维权：若确认村委会的收费行为违法，村民可以通过法律途径维护自身权益，如提起行政诉讼或民事诉讼等。在此过程中，建议村民保留好相关证据，如收费通知、缴费凭证等。
总结来说，村委会收取建房保证金的合法性需根据具体情况综合判断。村民应密切关注村委会的决策过程和费用使用情况，确保自身权益不受侵害。如遇问题，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。