村居委会收取居民耕种的已征闲置土地保证金，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若已征闲置土地未明确交付村居委会管理，且无合法依据：

   • 在此情况下，村居委会并无权力对居民耕种的已征闲置土地收取保证金。土地征收后，其使用权和管理权通常应由政府或相关土地管理部门行使，而非村居委会。若村居委会未经授权擅自收取保证金，可能构成非法收费，居民有权拒绝缴纳，并可向相关部门投诉或寻求法律救济。

2. 若已征闲置土地已明确交付村居委会管理，且有合法依据：

   • 即便土地已交付村居委会管理，收取保证金也需有明确的法律依据或政府授权。例如，若当地政府出台了相关政策，允许村居委会在特定条件下收取保证金以规范土地使用，且该政策符合法律法规，则村居委会的行为可能合法。但即便如此，保证金的收取标准、用途和管理方式也需严格遵循政策规定，确保透明公正。
   • 然而，实践中此类情况较为罕见。因为土地征收后，其管理权通常不会直接交给村居委会，而是由政府或土地储备机构等负责。因此，村居委会自行收取保证金的行为，在缺乏明确法律依据的情况下，很可能被视为不合法。

3. 从法律原则角度分析：

   • 无论何种情况，村居委会收取保证金的行为都需遵循合法、合理、公开的原则。合法意味着需有明确的法律依据或政府授权；合理意味着保证金的收取标准需与土地使用的实际情况相匹配，不得过高或过低；公开则意味着保证金的收取、使用和管理情况需向居民公开，接受监督。
   • 若村居委会的行为违反了上述原则，居民有权提出质疑，并要求村居委会提供合法依据或进行解释。若村居委会无法提供合法依据或解释不合理，居民可向相关部门投诉或寻求法律救济。

法律建议：

• 若您遇到村居委会收取已征闲置土地保证金的情况，首先应要求村居委会提供收取保证金的合法依据或政府授权文件。
• 若村居委会无法提供或提供的依据不充分，您有权拒绝缴纳保证金，并可向当地政府、土地管理部门或相关法律机构投诉或寻求帮助。
• 在处理此类问题时，建议您保留相关证据，如收费通知、缴费凭证等，以便在需要时维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 若村居委会的行为被认定为非法收费，可能面临行政处罚或民事责任。行政处罚可能包括罚款、没收违法所得等；民事责任则可能涉及赔偿居民因非法收费而遭受的损失。
• 对于居民而言，若拒绝缴纳非法保证金而遭受不当对待或损失，也可通过法律途径追究村居委会的责任。