机长因身体原因停飞期间，工资的计算方式需根据具体情况确定，主要分为以下两种情形：

1. 短期病假停飞
   若机长因身体不适需短期休养（如普通疾病、非职业病），工资计算通常遵循以下规则：

   • 病假工资：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期内企业需支付病假工资，标准一般为本人工资的60%-100%（具体比例由公司规章制度或劳动合同约定，但不得低于当地最低工资标准的80%）。
     
   • 医疗期时长：根据工作年限，医疗期为3-24个月不等（例如，工作5年以下为3个月，5-10年为6个月）。医疗期内工资需按上述标准发放。
     
   • 特殊行业规定：航空业可能因岗位特殊性（如飞行执照要求）在劳动合同或集体合同中约定更高标准，需优先适用。

2. 长期停飞或丧失飞行能力
   若机长因身体原因（如职业病、伤残）长期无法履行飞行职责，甚至丧失飞行能力，工资计算需分阶段处理：

   • 医疗期内的工资：同短期病假，按病假工资标准发放。
     
   • 医疗期满后的处理：
     
     • 不能从事原工作：企业需根据《劳动合同法》第40条，与劳动者协商调岗（如地面岗位）。若调岗后工资降低，需双方协商一致；若无法调岗，企业可提前30日通知或支付代通知金后解除合同，并支付经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
       
     • 完全丧失劳动能力：若经劳动能力鉴定委员会鉴定为1-4级伤残，机长可享受工伤保险待遇（如伤残津贴、一次性伤残补助金等），工资计算不再适用原标准。
       

关键提醒：

• 航空公司的内部规章制度（如《飞行人员薪酬管理办法》）可能对停飞工资有特殊约定，需优先审查合同条款。
  
• 若停飞系因职业病（如高空辐射、时差综合征等），机长可申请工伤认定，享受工伤保险待遇，工资由工伤保险基金或企业补足差额。
  

建议行动：

1. 查阅劳动合同、公司规章制度中关于“停飞工资”“病假工资”的条款；
   
2. 保留医疗证明、停飞通知等证据；
   
3. 若对工资计算有争议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步细节（如停飞原因、合同约定等），可随时向我补充说明，我会为您具体分析。