结论：原配想要回小三的钱两万五，在符合一定条件下可以申请调查令，但需结合具体情况判断申请的可行性和必要性。以下从多个角度为你详细分析：
一、申请调查令的法律依据与条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。在特定情况下，当事人可以向人民法院申请调查令，以获取相关证据。
申请条件：
- 证据必要性：原配需要证明该两万五元属于夫妻共同财产，且被小三非法占有或转移。这通常需要提供初步证据，如转账记录、聊天记录等，以证明资金流向和性质。
- 客观原因：原配需说明因客观原因（如无法直接获取银行流水、对方不配合等）无法自行收集证据，从而需要法院协助调查。
- 程序要求：申请调查令通常需在诉讼过程中提出，并遵循法院的具体程序要求，如提交书面申请、说明调查目的和范围等。
二、申请调查令的实践考量
证据收集的优先性：
- 在申请调查令之前，原配应尝试通过其他途径收集证据，如与小三协商、要求对方提供转账记录等。如果能够通过协商或自行收集到足够证据，则无需申请调查令。
诉讼策略的选择：
- 申请调查令只是诉讼策略的一部分。原配还需考虑是否提起诉讼、以何种理由提起诉讼（如不当得利、侵犯夫妻共同财产权等）以及诉讼的预期结果等因素。
成本效益分析：
- 申请调查令需要耗费一定的时间和精力，并可能产生一定的费用（如律师费、调查费等）。原配需权衡申请调查令的成本与预期收益，以决定是否值得申请。
三、具体操作建议
收集初步证据：
- 原配应首先收集与转账相关的初步证据，如银行转账记录、聊天记录等，以证明资金流向和性质。
咨询专业律师：
- 在申请调查令之前，原配应咨询专业律师，了解申请调查令的具体程序、要求和可能的风险。律师可以根据原配的具体情况提供个性化的法律建议。
提交书面申请：
- 如果决定申请调查令，原配需向法院提交书面申请，说明调查目的、范围、理由以及无法自行收集证据的原因等。申请应尽可能详细、具体，以便法院审查。
配合法院调查：
- 在法院批准调查令后，原配需配合法院进行调查工作，如提供必要的协助、说明情况等。同时，原配也应关注调查进展，及时与法院沟通。
四、可能的法律后果
成功追回财产：
- 如果原配能够成功申请调查令并收集到足够证据证明该两万五元属于夫妻共同财产且被小三非法占有或转移，则法院可能判决小三返还该财产。
申请被驳回或证据不足：
- 如果原配的申请被法院驳回或收集到的证据不足以证明其主张，则可能面临无法追回财产的风险。此时，原配需考虑其他法律途径或接受现实。
最后，申请调查令是原配追回被小三占有的夫妻共同财产的一种可能途径，但并非唯一途径。在决定是否申请调查令之前，原配应充分了解相关法律规定和程序要求，并结合具体情况进行权衡和决策。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。