结论：在男方不配合起诉“小三”的情况下，是否可以申请法院调查令，需视具体情况而定，但通常直接申请法院调查令针对“小三”个人财产或行为的情况并不常见，更多是通过其他法律途径来推进案件。

分析说明：

1. 法院调查令的适用范围：

   • 法院调查令通常是法院为了查明案件事实，依职权或依当事人申请，向有关单位或个人调取证据的命令。它主要用于调取与案件直接相关的证据材料，如银行流水、交易记录、合同文件等。
   • 在涉及“小三”的案件中，如果男方不配合，且案件事实需要查明“小三”与男方之间的经济往来、财产转移等关键证据，理论上可以向法院申请调查令。但实际操作中，直接针对“小三”个人财产或行为的调查令申请可能面临一定难度，因为这可能涉及第三方隐私和权益保护问题。

2. 起诉“小三”的法律途径：

   • 在婚姻关系中，如果“小三”与男方存在不正当关系，并因此导致了财产损失或精神损害，女方（或男方，如果其是受害方）可以通过法律途径追究“小三”的责任。
   • 常见的法律途径包括：提起离婚诉讼时一并主张损害赔偿（如果“小三”的行为构成了对婚姻关系的破坏）、单独提起侵权诉讼（如果“小三”的行为侵犯了女方的合法权益，如名誉权、隐私权等）或提起返还财产诉讼（如果“小三”非法占有了夫妻共同财产）。
   • 在这些诉讼中，如果需要调取“小三”的相关证据，可以通过律师向法院申请调查令，或者通过法院依职权调取证据。但更常见的是，通过律师的调查取证工作，结合法院的审理过程，来逐步揭示案件事实。

3. 男方不配合的影响及应对：

   • 如果男方不配合起诉“小三”，这可能会给案件的推进带来一定困难。因为男方作为案件的一方当事人，其配合对于查明案件事实、提供证据等至关重要。
   • 在这种情况下，女方可以积极收集证据，如通过银行流水、聊天记录、证人证言等方式来证明“小三”与男方之间的不正当关系以及因此造成的损失。同时，也可以寻求律师的帮助，通过法律途径来迫使男方配合或直接推进案件。

行动建议：

• 如果您面临男方不配合起诉“小三”的情况，建议首先咨询专业律师，详细了解您的法律权益和可能的法律途径。
• 律师可以根据您的具体情况，制定合适的诉讼策略，包括是否申请法院调查令、如何收集证据、如何推进案件等。
• 在诉讼过程中，保持与律师的密切沟通，及时提供案件进展和新的证据材料，以便律师能够及时调整诉讼策略并为您争取最大权益。

法律后果提示：

• 如果最终通过法律途径追究了“小三”的责任，并获得了法院的判决支持，那么“小三”可能需要承担相应的法律责任，如赔偿损失、返还财产等。
• 但同时也要注意，法律程序可能耗时较长且结果具有不确定性，因此在决定起诉前需要充分评估风险和收益。