超占土地面积一般不可以直接协议出让，但在符合特定条件并履行法定程序的情况下，可能存在例外。以下从不同角度进行分析：

1. 协议出让的基本原则与限制
   根据《中华人民共和国城市房地产管理法》及《协议出让国有土地使用权规定》，协议出让需以“公开、公平、公正”为原则，且通常适用于以下情形：

   • 原划拨、承租土地使用权人申请办理协议出让（如工业用地改商业用地）；
     
   • 同一宗地只有一个意向用地者；
     
   • 政府实施城市规划进行旧城区改造需要协议出让的。
     超占土地面积本身不属于法定协议出让的直接依据，若超占部分未依法处理，直接协议出让可能违反“土地用途管制”和“节约集约用地”原则。

2. 超占土地的合法化路径
   若需对超占部分进行合法处置，通常需先完成以下程序：

   • 行政处罚与补办手续：根据《土地管理法》第七十七条，超占土地可能面临责令退还、没收地上物或罚款等处罚。处罚后，若符合规划且未损害公共利益，可依法补办用地手续（如缴纳土地出让金、调整规划条件等）。
     
   • 协议出让的例外情形：在补办手续过程中，若超占部分与原用地合并处置，且符合协议出让条件（如单一意向用地者），可能通过协议出让方式完善手续。但需严格履行“评估、公示、集体决策”等程序，避免暗箱操作。

3. 实务风险与合规建议

   • 风险点：直接协议出让超占土地可能被认定为“以协议出让代替招拍挂”，涉嫌违反《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》，导致出让合同无效或行政责任。
     
   • 合规建议：
     
     1. 优先通过行政处罚程序明确超占部分的合法性；
        
     2. 若需协议出让，应确保超占部分与原用地合并评估，并严格履行公示、审批程序；
        
     3. 咨询自然资源部门确认地方政策，部分地区可能对历史遗留问题有特殊规定。

总结：超占土地面积需先通过行政处罚和补办手续解决合法性问题，再根据是否符合协议出让条件决定处置方式。直接协议出让超占部分存在法律风险，建议结合具体案例进一步分析。如有进一步问题，可直接向我咨询。