在与分公司签订的合同发生纠纷时，通常可以起诉分公司，并在特定情况下将总公司列为共同被告，以确保债权的充分实现。以下是对这一问题的详细分析：
一、分公司作为被告的情况
法律地位与诉讼主体资格：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但根据《中华人民共和国民法典》第七十四条及《公司法》的相关规定，分公司可以以自己的名义从事民事活动，包括签订合同。因此，在合同纠纷中，分公司具有独立的诉讼主体资格，可以作为被告被起诉。
实际操作与财产承担：
- 如果合同纠纷仅涉及分公司与对方当事人的权利义务关系，且分公司有足够的财产承担责任，那么直接起诉分公司是更为直接和有效的做法。法院会首先以分公司管理的财产承担责任，若其财产不足以清偿债务，再由总公司承担补充责任。
二、总公司作为共同被告的情况
分公司财产不足以承担责任时：
- 当分公司的财产不足以清偿债务时，为了充分保障债权人的利益，债权人可以将总公司列为共同被告，要求总公司对分公司的债务承担补充清偿责任。这是基于分公司不具有独立法人资格，其民事责任最终由总公司承担的法律原则。
合同履行与总公司有密切关联时：
- 如果合同的签订、履行过程中，总公司直接参与了相关事务，或者对分公司的行为进行了明确的授权、指示、干预等，那么总公司也应当对合同的履行承担相应的责任。在这种情况下，债权人同样可以将总公司和分公司一并起诉，以便更全面地查明事实并确定责任分担。
三、特殊情况下的处理
分公司未领取营业执照时：
- 如果分公司未领取营业执照即从事经营活动，属于非法经营，不具备合法主体资格。此时，与分公司签订的合同可能无效，所有法律责任应由总公司承担。因此，在起诉时应直接以总公司为被告。
合同效力与授权问题：
- 在与分公司签订合同时，应仔细审查分公司的授权情况，包括查看总公司出具的授权委托书，确认授权范围及额度。这是避免潜在法律风险的关键步骤。如果分公司未经授权签订合同且总公司不予追认，该合同可能被视为无效，此时应直接追究总公司的责任。
四、实际操作建议
明确起诉对象：
- 在起诉前，应仔细分析案件的具体情况，确定是否仅起诉分公司，还是需要同时将总公司列为共同被告。这有助于更有效地维护自身权益。
充分收集证据：
- 无论起诉分公司还是总公司（或两者同时起诉），都应充分收集相关证据，以证明合同关系的存在以及对方违约的事实。这是赢得诉讼的关键。
考虑执行便利性：
- 在选择起诉对象时，还应考虑执行的便利性。例如，如果分公司的财产足以清偿债务，那么单独起诉分公司可能更为简便；如果分公司的财产不足或难以执行，那么将总公司列为共同被告可能更有利于债权的实现。
综上所述，在与分公司签订的合同发生纠纷时，应根据具体情况灵活选择起诉对象，并充分考虑法律依据、实际操作难度以及执行便利性等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。