医院扣科室奖金是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
从劳动合同和规章制度的角度：
- 如果医院与科室或员工之间有明确的劳动合同或规章制度，规定了奖金的发放条件和方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么医院按照这些规定扣发科室奖金，可能是合法的。
- 然而，如果劳动合同或规章制度中没有明确规定扣发奖金的情形，或者规定本身违法（如违反最低工资标准、加班费支付等法律规定），那么医院扣发奖金就可能构成违法。
从法律法规的角度：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，包括奖金。如果医院无正当理由扣发科室奖金，可能违反了这些法律规定。
- 特别是如果扣发奖金的行为导致了员工的工资低于当地最低工资标准，或者未按照规定支付加班费等，那么医院的行为就明显违法。
从公平合理和诚实信用的角度：
- 即使劳动合同或规章制度中有关于扣发奖金的规定，但如果这些规定显失公平或不合理，或者医院在执行时存在滥用权力、不诚实信用等行为，那么扣发奖金也可能被视为违法或不当行为。
- 例如，如果医院因为科室业绩未达标而扣发全部奖金，但业绩未达标的原因并非科室员工的过错，而是由于医院管理不善、市场环境变化等外部因素导致，那么这种扣发行为就可能缺乏公平性和合理性。
建议：
- 如果医院扣发了科室奖金，且员工认为这一行为违法或不当，首先应当仔细审查劳动合同和规章制度中关于奖金发放和扣发的规定。
- 如果发现规定本身违法或不合理，或者医院在执行时存在滥用权力等行为，员工可以向医院提出异议，并要求医院纠正。
- 如果医院拒绝纠正，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
后续行动：
- 在处理此类纠纷时，员工应当保留好相关证据，如劳动合同、规章制度、奖金发放记录等，以便在需要时提供证明。
- 同时，员工也可以咨询专业律师（比如我，杨翠菊律师，专注于劳动纠纷、工伤赔偿领域），以获取更具体的法律建议和帮助。
总之，医院扣科室奖金是否违法，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。如果员工对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，应当及时采取行动来维护自己的合法权益。