结论：买农村房子不能过户时签订的合作合同是否合法，需根据买卖双方的身份、合同内容以及是否违反法律法规强制性规定等因素综合判断。以下从不同情况为您详细分析：

一、合同可能有效的情况

1. 同一集体经济组织成员之间的买卖

   • 法律依据：依据《中华人民共和国民法典》及相关土地管理法规，同一集体经济组织成员享有对集体土地的同等使用权和分配权益。因此，他们之间的农村房屋买卖，即使暂时无法办理过户手续，只要合同是双方真实意思表示且不违反法律规定，通常被认定为有效。
   • 实例说明：例如，甲和乙同为某村集体经济组织成员，甲将房屋卖给乙并签订合同。若合同内容合法且双方意愿真实，该合同有效。

2. 符合特定条件的房屋买卖

   • 法律依据：部分地方政策或规定允许在满足一定条件（如村镇规划、相关部门审批等）的情况下，进行农村房屋的有限流转。
   • 实例说明：如某村因新农村建设需要，经村委会和相关部门批准，村民丙将符合调配条件的房屋卖给同村符合条件的村民丁，并签订了合同。在符合这些特定条件下，合同有效。

二、合同可能无效的情况

1. 非同一集体经济组织成员之间的买卖

   • 法律依据：农村宅基地属于农村集体所有，其使用权与特定的集体经济组织成员身份相联系。非本集体经济组织成员购买农村房屋违反了土地管理法等相关法律的强制性规定。
   • 实例说明：如城市居民戊购买某村村民己的农村房屋并签订合同，由于戊不属于该集体经济组织成员，该合同无效。

2. 涉及法律限制或违反法律法规强制性规定

   • 法律依据：若农村房屋受到法律限制（如被法院查封、冻结等），或买卖行为本身违反法律法规的强制性规定（如未经合法审批擅自改变房屋用途、在禁止交易的区域进行买卖等），合同同样无效。
   • 实例说明：如某农村房屋位于自然保护区内，根据相关法规禁止买卖。村民庚不顾规定将房屋卖给他人并签订合同，该合同因违反法律而无效。

3. 不符合过户条件

   • 若房屋所有权存在争议、未依法登记、存在安全隐患或未满足相关规划要求等，这些情况下签订的买卖合同也可能被认定为无效。

三、合同无效后的处理及风险

• 法律依据：根据法律规定，合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还。卖方应退还买方购房款，买方应退还房屋。若一方存在过错给对方造成损失，还应承担相应的赔偿责任。
• 实际操作：在农村房屋买卖合同被认定无效后，双方应尽快协商处理退款和退房事宜。若协商不成，可通过法律途径解决纠纷。
• 未过户的风险：
  • 卖方反悔风险：若房价上涨或其他原因，卖方可能以未办理过户为由主张合同无效或要求收回房屋。尽管法院通常支持合同有效，但买方需通过诉讼来维护权益，耗时费力。
  • 房屋被处置风险：在未过户期间，原房主可能因债务纠纷等原因导致房屋被查封、抵押甚至强制拍卖，严重威胁买方权益。
  • 拆迁补偿风险：若房屋面临拆迁，由于所有权仍登记在原房主名下，拆迁补偿款可能支付给原房主，买方需与原房主协商补偿款分配，协商不成则需通过法律途径解决。

四、建议

• 了解当地政策：在购买农村房屋前，务必了解当地关于农村房屋买卖的政策和规定，确保交易合法合规。
• 签订详细合同：即使无法立即过户，也应签订详细的买卖合同，明确双方的权利和义务，以及违约责任等条款。
• 尽快办理过户：在条件允许的情况下，应尽快办理过户手续，以保障自己的合法权益。

综上所述，买农村房子不能过户时签订的合作合同是否合法，需根据具体情况综合判断。在签订合同时，双方应确保身份适格、合同内容合法合规，并充分了解相关法律法规和政策规定，以避免不必要的法律风险和经济损失。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。