刑事案件立案后证据不足，经过十六年，案件可能因超过追诉时效而不再追诉，但存在例外情形需具体分析。以下从不同角度展开说明：

1. 追诉时效制度的基本规定
   根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，犯罪的追诉期限根据法定最高刑确定：
   

• 法定最高刑不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；
  
• 法定最高刑五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年；
  
• 法定最高刑十年以上有期徒刑的，追诉时效为十五年；
  
• 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为二十年。
  若案件立案后十六年仍未进入审判程序，且无特殊情形，可能已超过追诉时效。但需注意，追诉时效的计算起点是“犯罪之日”，若立案时已发现犯罪并采取强制措施（如拘留、逮捕），则追诉时效中断，需重新计算；若立案后未采取强制措施，则需结合犯罪行为完成时间判断是否超期。

1. 证据不足与追诉时效的关系
   证据不足本身不直接导致案件终止，但若因证据不足导致案件长期无法推进，可能间接影响追诉时效的适用。例如：
   

• 若公安机关立案后因证据不足未移送审查起诉，且未采取强制措施，需结合犯罪行为完成时间判断是否超期；
  
• 若检察机关已作出不起诉决定（因证据不足），则案件终止，不再受追诉时效限制；
  
• 若案件在审查起诉或审判阶段因证据不足被退回补充侦查，且长期未补充完毕，需结合具体程序节点判断是否超期。

1. 例外情形：不受追诉时效限制的情况
   根据《刑法》第八十八条，以下情形不受追诉时效限制：
   

• 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的：若犯罪嫌疑人立案后潜逃，即使超过追诉时效，仍可追诉；
  
• 被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的：若被害人已及时报案但未立案，不受追诉时效限制。
  若案件存在上述情形，即使经过十六年，仍可依法追诉。

1. 实务建议
   

• 核实立案时间与犯罪行为完成时间：需明确案件是否已超过法定追诉时效；
  
• 审查案件程序节点：若案件已进入审查起诉或审判阶段，需结合具体程序判断是否因证据不足导致程序停滞；
  
• 关注犯罪嫌疑人状态：若犯罪嫌疑人潜逃，则不受追诉时效限制；
  
• 咨询专业律师：追诉时效的计算涉及复杂法律规则，需结合具体案情分析，建议提供更多案件细节（如犯罪类型、立案时间、是否采取强制措施等）进一步咨询。

总结：刑事案件立案后证据不足十六年，需首先判断是否超过追诉时效，再结合案件程序节点、犯罪嫌疑人状态等综合分析。若已超期且无例外情形，案件可能不再追诉；若未超期或存在例外情形，仍可依法处理。建议根据具体案情进一步咨询。