职务犯罪案件在法院立案后若证据不足，通常有两种处理路径，具体如下：

1. 检察院补充侦查或撤回起诉
   根据《刑事诉讼法》第175条，法院在审理中发现证据不足、指控罪名不成立时，可建议检察院补充侦查或变更起诉。检察院若认为现有证据无法支持指控，可能主动撤回起诉，终止案件审理。例如，若关键证人证言存在矛盾、物证链不完整，检察院可能选择补充调查或放弃追诉。

2. 法院依法作出无罪判决
   若检察院拒绝补充侦查或补充后证据仍不足，法院需依据《刑事诉讼法》第200条，以“证据不足、指控的犯罪不能成立”为由，判决被告人无罪。此判决需满足“疑罪从无”原则，即现有证据无法排除合理怀疑时，不得认定被告人有罪。例如，在贪污案中，若无法证明被告人非法占有公共财物的主观故意，法院应判无罪。

实务建议：

• 辩护策略：被告人及辩护人应重点审查证据合法性（如是否存在刑讯逼供）、证据关联性（如物证与犯罪行为的直接联系）及证据充分性（如是否形成完整证明体系），及时向法院提出排除非法证据或证据不足的申请。
  
• 程序权利：若案件进入补充侦查阶段，被告人可申请取保候审或监视居住，避免长期羁押；若检察院撤回起诉，可依据《国家赔偿法》申请国家赔偿（若存在错误羁押情形）。
  
• 风险防范：即使法院判无罪，若案件涉及单位内部纪律处分（如公务员贪污被撤职），仍需通过行政程序维权，建议同步咨询行政法领域专业意见。

总结：证据不足的职务犯罪案件，最终可能以检察院撤诉或法院判无罪终结，但具体路径取决于证据完善程度及控辩双方主张。被告人应积极行使辩护权，推动案件向有利方向发展。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。