结论：国企甲方收取乙方廉洁保证金是否合法，不能一概而论，需根据具体情况及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、合法性分析

1. 合同自由原则：

   • 在民事法律关系中，合同双方享有合同自由，即有权在平等、自愿的基础上协商确定合同内容。若国企甲方与乙方在合同中明确约定了廉洁保证金条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款在合同双方之间是有效的。

2. 法律法规限制：

   • 然而，需要注意的是，某些特定类型的保证金可能受到法律法规的严格限制或禁止。例如，在建设工程领域，根据相关法律法规，发包人不得要求承包人提供履约保证金以外的其他形式的担保，如廉洁保证金等（若该类保证金未被明确允许）。若国企甲方作为发包人，在建设工程合同中要求乙方提供廉洁保证金，且该保证金不属于法律允许的担保形式，则可能构成违法。
   • 另外，如果收取廉洁保证金的行为实质上构成了对乙方的不合理限制或额外负担，且没有合理的商业理由或法律依据，那么该行为也可能被视为违法。

3. 反腐败与廉洁建设：

   • 从反腐败和廉洁建设的角度来看，国企甲方收取廉洁保证金的初衷可能是为了确保乙方的廉洁行为，防止腐败现象的发生。然而，这种做法是否合法有效，还需考虑其是否符合相关法律法规的规定，以及是否能够通过其他更合法、更有效的方式来实现廉洁建设的目的。

二、实践建议

1. 审查合同条款：

   • 国企甲方在收取廉洁保证金前，应仔细审查合同条款，确保该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。同时，应明确保证金的性质、金额、支付方式、退还条件等关键条款，以避免后续纠纷。

2. 咨询法律意见：

   • 在涉及复杂法律问题时，国企甲方应咨询专业律师的法律意见，以确保收取廉洁保证金的行为合法合规。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助国企甲方规避法律风险。

3. 考虑替代方案：

   • 国企甲方可以考虑通过其他更合法、更有效的方式来实现廉洁建设的目的，如加强内部监督、完善廉洁制度、开展廉洁教育等。这些方式可能比收取廉洁保证金更为有效且合法。

三、法律后果

• 若国企甲方收取廉洁保证金的行为被认定为违法，可能面临合同无效、返还保证金、赔偿损失等法律后果。同时，还可能受到相关监管部门的处罚，影响企业的声誉和信誉。

总结：国企甲方收取乙方廉洁保证金是否合法，需根据具体情况及相关法律法规进行综合判断。在涉及此类问题时，建议国企甲方咨询专业律师的法律意见，以确保行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。