结论：甲方用央企工程协议收取施工队工程保证金是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
合同约定且符合法律规定：
- 如果甲方与施工队在工程协议中明确约定了工程保证金的收取条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么甲方收取工程保证金是合法的。
- 例如，协议中约定施工队需缴纳一定比例的保证金作为履约担保，且该比例在合理范围内，同时协议也明确了保证金的退还条件和方式，这样的约定是有效的。
央企内部规定允许：
- 央企作为大型国有企业，可能有其内部的工程管理规定或财务制度，允许或要求收取工程保证金。如果甲方的行为符合这些内部规定，且这些规定不违反法律法规，那么甲方收取保证金也是合法的。
二、非法情形
无合同约定或违反法律规定：
- 如果甲方与施工队未在工程协议中约定工程保证金的收取，或者约定的条款违反了法律、行政法规的强制性规定（如保证金比例过高、退还条件苛刻等），那么甲方收取工程保证金就是非法的。
- 例如，甲方单方面要求施工队缴纳高额保证金，且未在协议中明确退还条件和方式，这样的行为可能构成违法。
以央企名义进行欺诈或违规操作：
- 如果甲方并非真正的央企或其授权代表，而是冒用央企名义进行欺诈活动，或者甲方在收取保证金过程中存在违规操作（如挪用保证金、未按规定退还保证金等），那么甲方的行为也是非法的。
三、法律建议
审查合同条款：
- 施工队在签订工程协议前，应仔细审查合同条款，特别是关于工程保证金的收取、退还等条款，确保条款合法、合理且明确。
了解甲方资质和信誉：
- 施工队应了解甲方的资质和信誉情况，确保甲方是真正的央企或其授权代表，且具有良好的信誉和履约能力。
保留相关证据：
- 施工队在缴纳保证金时，应要求甲方出具正规的收据或发票，并保留好相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
及时咨询法律专业人士：
- 如果施工队对甲方收取工程保证金的行为存在疑问或担忧，应及时咨询法律专业人士，了解相关法律法规和政策规定，以便做出正确的决策。
后续行动建议：如果您或您的施工队遇到了类似问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律分析和建议。