结论：公司第一个月扣除店长钱是否合法，不能一概而论，需根据扣除原因、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、扣除原因合法性分析
因店长过错导致公司损失：
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 分析：如果店长因个人原因（如管理不善、决策失误等）导致公司经济损失，公司有权根据上述规定扣除店长工资，但扣除比例和最低工资标准需严格遵守。
非因店长过错扣除工资：
- 分析：如果扣除工资并非因店长过错导致，而是公司单方面决定或基于其他不合理原因（如随意克扣、以罚款代替管理等），则这种扣除行为可能违法。
二、公司规章制度合法性分析
规章制度内容合法：
- 分析：公司规章制度中若明确规定了扣除店长工资的情形、比例和程序，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则公司有权依据规章制度扣除店长工资。
规章制度程序合法：
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 分析：即使公司规章制度内容合法，但如果制定程序不合法（如未经职工代表大会讨论、未公示等），则该规章制度可能无效，公司不能依据无效的规章制度扣除店长工资。
三、建议与行动
核实扣除原因：
- 建议：店长应首先核实公司扣除工资的具体原因，判断是否因个人过错导致公司损失。
审查公司规章制度：
- 建议：店长应审查公司规章制度中关于扣除工资的规定，判断其内容是否合法、程序是否合规。
与公司协商或投诉：
- 行动：如果店长认为公司扣除工资的行为违法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司说明扣除原因、提供相关证据，并协商解决方案。如果协商无果，店长可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：公司第一个月扣除店长钱是否合法，需根据具体情况综合判断。店长应核实扣除原因、审查公司规章制度，并在必要时与公司协商或投诉，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。