交警在服务区查车罚款是合法的，但必须严格遵循法定程序。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据与合法性

根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，公安机关交通管理部门及其交通警察有权依法对道路交通安全违法行为进行查处。服务区作为高速公路的组成部分，虽然并非行车道或超车道，但交警在此设置执勤点，对过往车辆进行安全检查或纠正违法行为，是依法履行其职责的行为。这一行为不仅符合道路交通安全法的相关规定，也是维护高速公路交通秩序和公共安全的重要举措。

二、执法目的与正当性

交警在服务区查车罚款通常基于多种合理目的，包括但不限于：

1. 检查车辆安全隐患：如车辆制动、灯光等系统是否正常，确保车辆在高速公路上行驶的安全性。
2. 查处交通违法行为：如疲劳驾驶、未系安全带、超载等，这些行为都可能对道路交通安全构成威胁。
3. 维护服务区交通秩序：服务区是车辆和人员短暂停留休息的场所，交警的执法活动有助于确保服务区的交通秩序井然有序。

三、执法程序与要求

交警在服务区查车罚款时，必须严格遵守法定程序，包括但不限于：

1. 表明执法身份：交警在执法时应出示执法证件，表明身份。
2. 说明拦车理由和依据：交警应向驾驶员说明拦车的原因和法律依据，确保驾驶员了解执法行为的合法性和必要性。
3. 按照规定进行处罚告知：对于需要处罚的违法行为，交警应按照规定向驾驶员告知处罚的内容、理由和依据，并听取驾驶员的陈述和申辩。

四、特殊情况与处罚流程

在特殊情况下，如执行追捕、堵截违法犯罪分子和重大违法犯罪嫌疑人员，处置突发事件、救灾等紧急任务时，公安机关的人民警察可以在高速公路上拦截检查车辆，这同样适用于服务区内的查车行为。对于情节轻微的违法行为，交警可以给予口头警告后放行；对于情节严重的违法行为，则应根据相关法律规定进行处罚或对嫌疑车辆进行检查。

五、当事人权益保护

如果驾驶员对交警在服务区作出的罚款决定存在异议，可以通过申请行政复议或提起行政诉讼等合法途径来维护自身权益。这体现了法律的公正性和权威性，也确保了驾驶员在面临处罚时有充分的申诉和救济渠道。

总结与建议：

交警在服务区查车罚款是合法且必要的，这是维护高速公路交通秩序和公共安全的重要举措。作为驾驶员，应当自觉遵守交通法规，积极配合交警的执法工作。同时，如果认为自己的合法权益受到侵害，也应勇于通过法律途径寻求保护。建议交警部门在加强执法力度的同时，也要注重提升执法水平和服务质量，确保执法活动的公正性、透明度和公信力。