在行政案件中，被告不是行政机关，并不必然导致不予立案，但需根据具体情况判断被告是否适格。以下从不同角度为你详细分析：

1. 被告适格的基本原则

在行政诉讼中，被告适格的核心标准是“谁行为，谁被告”。即，如果某个组织或机构实施了被诉的行政行为，且该行为属于行政诉讼受案范围，那么该组织或机构就是适格被告。行政机关是行政行为的主要实施主体，但并非唯一主体。例如，法律、法规、规章授权的组织（如行业协会、事业单位等）在行使被授予的行政权力时，也可能成为行政诉讼的被告。

2. 被告不是行政机关的常见情形

• 法律、法规、规章授权的组织：
  根据《行政诉讼法》第二条和第二十六条，如果某个组织经法律、法规、规章授权行使行政权力，并实施了被诉行为，那么该组织可以作为被告。例如，某行业协会根据《行业协会管理条例》授权，对会员企业作出处罚决定，会员企业不服提起诉讼的，该行业协会就是适格被告。

• 行政机关委托的组织：
  如果行政机关将某项行政职权委托给其他组织行使，受委托组织以委托机关名义实施行为，那么被告应为委托机关，而非受委托组织。但若受委托组织以自己名义实施行为，且相对人不知情，可能涉及被告资格的争议，需结合具体案情判断。

• 其他特殊主体：
  例如，村民委员会或居民委员会在依法行使自治管理职能时，若其行为涉及行政权力（如土地管理、计划生育等），也可能成为行政诉讼的被告。此外，某些国有企业或事业单位在特定情况下（如行使公共管理职能）也可能被列为被告。

3. 被告不适格的法律后果

如果被告确实不适格（即既非行政机关，也非法律、法规、规章授权的组织，或未受行政机关委托），法院可能会：

• 裁定不予立案：若原告起诉时被告明显不适格，且经释明后仍不更正，法院可能裁定不予立案。
• 驳回起诉：若案件已立案，但审理中发现被告不适格，法院可能裁定驳回起诉。此时，原告可重新起诉适格被告。

4. 实务建议

• 起诉前核实被告资格：
  原告在提起行政诉讼前，应通过查阅相关法律法规、行政机关的“三定方案”（职能配置、内设机构和人员编制规定）或咨询专业律师，确认被告是否适格。
• 灵活调整诉讼策略：
  若发现被告不适格，可及时变更被告或追加被告。例如，若原起诉某街道办事处，但实际行为由区政府委托实施，可申请将区政府追加为共同被告。
• 关注特殊主体的被告资格：
  对村民委员会、居民委员会、行业协会等特殊主体，需结合其行使的职能性质判断是否属于行政诉讼受案范围。

总结：行政案件中，被告不是行政机关并不直接导致不予立案，关键在于被告是否实施了被诉行政行为，且该行为是否属于行政诉讼受案范围。若被告适格，即使非行政机关，法院也应立案审理；若被告不适格，法院可能不予立案或驳回起诉。如有具体案件或疑问，欢迎直接向我咨询，我会结合案情为你详细分析。