关于《劳动争议司法解释二》第六条的理解，可以归纳为以下几点：

1. 条款内容概述：

   • 《劳动争议司法解释二》第六条主要规定了劳动者因用人单位拖欠或者克扣劳动报酬、经济补偿金等费用，向人民法院起诉，用人单位以超过仲裁申请期限为由提出抗辩时，人民法院应如何处理的问题。

2. 具体理解：

   • 抗辩事由的限制：该条款明确，用人单位仅以超过仲裁申请期限为由提出抗辩的，人民法院不予支持。这意味着，如果用人单位存在拖欠或克扣劳动报酬等违法行为，即使劳动者在仲裁申请期限届满后才提起诉讼，用人单位也不能仅以此为由进行抗辩。
   • 劳动者权益保护：此条款体现了对劳动者权益的保护。在劳动关系中，劳动者往往处于相对弱势的地位，可能因各种原因（如信息不对称、经济压力等）未能及时申请仲裁。该条款确保了劳动者在用人单位存在违法行为时，仍有机会通过法律途径维护自己的合法权益。
   • 举证责任：虽然条款未直接涉及举证责任，但在实践中，劳动者需要提供初步证据证明用人单位存在拖欠或克扣劳动报酬等违法行为。而用人单位若主张已支付相关费用，则需承担举证责任。

3. 实际应用中的注意事项：

   • 及时收集证据：劳动者在发现用人单位存在拖欠或克扣劳动报酬等违法行为时，应及时收集相关证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
   • 注意仲裁申请期限：尽管该条款对仲裁申请期限的限制有所放宽，但劳动者仍应尽量在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起一年内申请仲裁，以避免不必要的法律风险。
   • 寻求法律援助：对于不熟悉法律程序的劳动者来说，寻求法律援助或咨询专业律师是非常重要的。律师可以提供专业的法律意见，帮助劳动者更好地维护自己的合法权益。

4. 可能的法律后果：

   • 如果用人单位存在违法行为：且劳动者能够提供充分证据证明，那么人民法院将支持劳动者的诉讼请求，要求用人单位支付拖欠或克扣的劳动报酬、经济补偿金等费用。
   • 如果劳动者无法提供充分证据：或者用人单位能够证明已支付相关费用，那么劳动者的诉讼请求可能得不到人民法院的支持。

总结与建议：

《劳动争议司法解释二》第六条为劳动者提供了一定的法律保障，确保了劳动者在用人单位存在违法行为时，仍有机会通过法律途径维护自己的合法权益。然而，劳动者在维护自己权益的过程中，也应注意及时收集证据、注意仲裁申请期限，并在必要时寻求法律援助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。