公司调休制度的合法性主要取决于调休的具体安排是否遵守了相关法律法规，是否与劳动者进行了充分协商，并是否保障了劳动者的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
合法的调休情形
符合法律规定的加班与调休：
- 根据《劳动法》的规定，用人单位在保障劳动者身体健康的条件下，可延长工作时间，但每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。若公司在法律允许的加班时长范围内，因生产经营需要安排员工加班，并在之后的工作日中安排同等时间的补休（即调休），这通常是合法的。
- 休息日安排工作也可进行调休，若不能安排补休，则需支付加班工资。例如，如果员工在周末加班，公司可以在后续的工作日安排调休，以弥补员工的休息时间。
有明确的规章制度且经过民主程序：
- 公司规章制度中应明确规定调休的条件、程序等，如调休的申请流程、审批权限、调休后的工作安排等。
- 该规章制度需通过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。这样的调休制度才具有合法性。
双方协商一致：
- 调休安排应事先与劳动者进行沟通协商，确保双方就调休时间、方式等达成一致意见。例如，公司因业务淡季需要安排调休，应提前与员工沟通，并征得员工的同意。
不合法的调休情形
违反法定加班时间限制：
- 若公司长期让员工处于加班状态，累计加班时间远超法定上限，且未依法支付足额加班工资，这种调休安排是不合法的。例如，公司每月安排员工加班超过三十六小时，且未支付加班费或未安排调休，就违反了《劳动法》的规定。
未经协商一致的随意调休：
- 公司未与工会或员工协商，单方面频繁调休，打乱员工正常生活节奏和休息安排，这种做法是违法的。例如，公司未经员工同意，擅自将员工的休息日调整为工作日，就侵犯了员工的合法权益。
法定节假日调休不当：
- 法定节假日是国家规定的全民共同享有的休假日，公司应按国家规定放假，而非擅自安排调休。例如，公司在国庆节期间安排员工加班，但未按照法律规定支付三倍工资或未安排调休，就违反了相关法律法规。
调休安排不符合劳动规章制度：
- 若公司未按照已公示的规章制度所规定的调休条件、程序进行调休，如拖延调休时间等，也是不合法的。例如，公司规章制度规定员工加班后应在一个月内安排调休，但公司拖延至数月后才安排，就违反了规章制度。
长时间调休的合法性考量：
- 调休应基于员工实际加班的时间进行安排，不应超出员工实际加班时间。长时间调休需与员工协商一致，且不应影响用人单位的正常生产经营和员工的正常工作。例如，公司因业务调整需要安排员工长时间调休，但未与员工协商一致或影响了公司的正常运营，就可能构成违法行为。
劳动者的权益保护
- 若公司的调休安排侵犯了劳动者的合法权益，劳动者有权与公司进行沟通协商。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。例如，员工可以向当地劳动监察大队举报公司的违法行为，或者向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付加班费、赔偿金等。
- 在某些情况下，劳动者甚至有权单方面解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金。例如，如果公司的调休安排严重违反了法律法规或劳动合同的约定，导致员工无法继续履行劳动合同，员工可以解除劳动合同并要求公司支付经济补偿。
总结与建议：公司在安排调休时，应严格遵守相关法律法规和规章制度，尊重劳动者的合法权益，并与劳动者进行充分协商。劳动者也应了解自己的权益，对于不合法的调休要求，有权拒绝并寻求法律援助。如果你对公司的调休制度有疑问或认为自己的权益受到了侵犯，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。