结论：员工在不知情的情况下签订了合同，并在起诉公司后担心合同对自己有影响，这确实是一个复杂的问题。不过，不必过于担心，因为根据法律规定，如果合同是在员工不知情或未同意的情况下签订的，该合同可能被视为无效或可撤销，对员工的影响有限。以下是从不同角度的详细分析：
一、合同效力问题
无效合同：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果合同是在一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下签订的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该合同。在员工不知情的情况下签订的合同，很可能构成欺诈，因此该合同可能被视为无效。
- 如果合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，该合同同样无效。
可撤销合同：
- 即使合同不完全符合无效合同的情形，但如果员工在签订合同时存在重大误解，或者合同显失公平，员工也有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该合同。
二、对员工的影响及应对措施
合同无效或撤销后的影响：
- 如果合同被确认无效或被撤销，那么该合同自始没有法律约束力。这意味着，员工不需要履行合同中的义务，也不需要承担因合同无效或撤销而产生的任何责任。
- 如果员工已经因合同而遭受了损失，如支付了费用或承担了义务，员工有权要求公司返还这些费用或赔偿损失。
应对措施：
- 收集证据：员工应尽快收集能够证明自己不知情或未同意签订合同的证据，如聊天记录、邮件、录音等。这些证据将有助于员工在诉讼中证明自己的主张。
- 咨询律师：员工应咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及诉讼的可能结果和风险。律师将能够为员工提供具体的法律建议和诉讼策略。
- 提起诉讼：在收集了足够的证据并咨询了律师后，员工可以向人民法院提起诉讼，要求确认合同无效或撤销合同，并要求公司赔偿损失。
三、特殊情况下的考虑
表见代理：
- 如果员工虽然不知情，但公司能够证明员工的行为构成了表见代理（即员工的行为足以让第三方相信其有权代表公司签订合同），那么公司可能需要承担一定的责任。然而，这种情况在员工完全不知情的情况下较为罕见。
公司抗辩：
- 公司可能会提出抗辩，如员工已经实际履行了合同中的部分义务，或者员工在签订合同时存在过错等。员工需要准备充分的证据来反驳这些抗辩。
建议：如果你正面临这样的情况，我建议你尽快收集相关证据，并咨询专业律师以获取具体的法律建议。作为专注于合同纠纷领域的律师，我能够为你提供全面的法律支持和诉讼策略。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。