结论：中小企业公司偷偷拷贝在职员工资料的行为是否会有事，取决于拷贝资料的具体内容、目的以及是否侵犯了员工的合法权益。以下从不同角度进行分析：
拷贝资料的内容与性质
- 若拷贝的是公司机密或商业秘密：根据《反不正当竞争法》等相关法律法规，公司机密或商业秘密受法律保护，未经许可不得擅自获取、使用或披露。如果公司偷偷拷贝的是这类资料，且目的是为了非法获取利益或损害员工或公司利益，那么这种行为可能构成侵权，公司可能面临法律责任，包括但不限于赔偿损失、承担行政责任等。
- 若拷贝的是员工个人隐私信息：如员工的身份证号、银行卡号、家庭住址等敏感信息，根据《个人信息保护法》等相关法律法规，公司未经员工同意不得擅自获取、使用或披露其个人信息。如果公司偷偷拷贝了这些信息，员工有权要求公司停止侵害、消除影响、赔礼道歉，并可能要求赔偿损失。
拷贝资料的目的与行为后果
- 若拷贝资料是为了正常工作需要：且公司已经采取了合理的保密措施，确保资料不被泄露或滥用，那么这种行为可能不构成违法或侵权。但即便如此，公司也应尊重员工的知情权，最好在拷贝前告知员工并获得其同意。
- 若拷贝资料是为了非法目的：如出售给第三方、用于不正当竞争等，那么这种行为不仅可能构成侵权，还可能触犯刑法，如侵犯商业秘密罪、非法获取公民个人信息罪等。公司及相关责任人员可能面临刑事处罚。
员工权益保护与应对措施
- 员工发现资料被拷贝后的应对措施：如果员工发现公司偷偷拷贝了自己的资料，首先应保持冷静，收集相关证据（如拷贝记录、公司通知等），然后与公司沟通，要求公司说明拷贝资料的目的和用途，并要求公司停止侵害、消除影响。
- 员工如何维护自己的合法权益：如果公司拒绝沟通或拒绝停止侵害，员工可以向劳动监察部门投诉，或者向法院提起诉讼，要求公司承担法律责任。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明公司存在侵权行为，并证明自己因此遭受了损失。
建议：作为公司，应严格遵守法律法规，尊重员工的合法权益，不得擅自拷贝、使用或披露员工的资料。如果确实需要拷贝员工资料，应事先告知员工并获得其同意，同时采取合理的保密措施确保资料安全。作为员工，如果发现公司存在侵权行为，应及时采取措施维护自己的合法权益。
后续思考：在实际操作中，公司拷贝员工资料的情况可能比较复杂，涉及多种法律关系和利益冲突。因此，在处理这类问题时，应综合考虑各种因素，包括拷贝资料的内容、目的、行为后果以及员工的合法权益等。如果遇到难以解决的问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。