结论：劳动合同中约定每月26天制3500的底薪是否合法，需结合具体情况判断，但若该底薪低于当地最低工资标准，或未合理体现加班工资，则可能违法。以下从不同角度详细分析：

1. 从最低工资标准的角度分析

• 法律背景：根据《劳动法》及各地最低工资规定，用人单位支付的工资不得低于当地最低工资标准。最低工资标准通常按每月工作21.75天（法定月计薪天数）计算，且包含基本工资和加班工资等所有货币性收入。
• 具体分析：
  • 若3500元底薪是扣除加班工资后的纯基本工资，且按26天制折算后的日工资低于当地最低日工资标准（最低月工资÷21.75），则违法。
  • 若3500元底薪是包含加班工资的总额，需进一步计算是否满足最低工资要求。例如，若当地最低月工资为2000元，而3500元中包含加班工资，则需确保即使扣除加班工资后，基本工资仍不低于2000元。
• 计算公式（以当地最低月工资2000元为例）：
  • 合法性判断：\( \text{日工资} = \frac{3500}{26} \approx 134.62 \text{元/天} \)
  • 当地最低日工资：\( \frac{2000}{21.75} \approx 91.95 \text{元/天} \)
  • 若134.62元/天 > 91.95元/天，且3500元为纯基本工资，则合法；若3500元包含加班工资，则需扣除加班部分后验证基本工资是否达标。

2. 从加班工资的角度分析

• 法律背景：根据《劳动法》第44条，用人单位安排劳动者延长工作时间或休息日、法定节假日工作的，需支付加班工资（平日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍）。
• 具体分析：
  • 若26天制中包含休息日工作（如每月4天休息日中安排2天加班），则这2天应按2倍工资计算加班费。若3500元底薪未包含这部分加班费，则用人单位需额外支付，否则违法。
  • 例如，若日工资为134.62元（按3500÷26计算），则休息日加班2天的加班费应为：\( 134.62 \times 2 \times 2 = 538.48 \text{元} \)。若劳动合同未约定这部分费用，则用人单位需补足。

3. 从综合工时制或不定时工时制的角度分析

• 法律背景：若用人单位经劳动行政部门批准实行综合计算工时制或不定时工时制，则工作时间和工资计算方式可能不同。但即使如此，仍需确保平均日工资和小时工资不低于最低标准。
• 具体分析：
  • 若26天制是综合计算工时制下的周期内总天数（如季度内工作78天），则需按季度平均计算日工资是否达标。
  • 若未获批实行特殊工时制，则26天制可能被认定为标准工时制下的超时工作，需支付加班费。

4. 实务建议

• 对劳动者：
  1. 核对当地最低工资标准，计算日工资是否达标。
  2. 要求用人单位明确底薪是否包含加班工资，并保留工资条等证据。
  3. 若发现违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对用人单位：
  1. 确保底薪不低于最低工资标准，并合理区分基本工资和加班工资。
  2. 若实行特殊工时制，需依法申请审批并公示。
  3. 在劳动合同中明确工资构成和计算方式，避免纠纷。

总结：26天制3500元底薪的合法性需结合最低工资标准、加班工资计算及工时制类型综合判断。若您有具体工资条或劳动合同条款，可进一步向我咨询，我会帮您详细分析。