结论前置：劳动合同中约定工资3500元，上6天班是否合法，不能一概而论，需要结合具体的工时制度、加班情况以及是否符合最低工资标准等因素来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、标准工时制度下的合法性分析
在标准工时制度下，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时。如果劳动合同中约定的是标准工时制度，但要求劳动者上6天班，且未明确说明其中包含加班时间或未支付加班费，那么这种安排可能违反了《劳动法》中关于工作时间的规定。
具体分析：
- 工作时间：若6天班中每天工作8小时，则总工作时间为48小时，超过了每周40小时的标准工作时间。
- 加班费：超出标准工作时间的部分应视为加班，用人单位需支付加班费。若未支付，则违反了《劳动法》中关于加班费支付的规定。
建议：
- 若用人单位要求劳动者上6天班，应明确说明其中包含加班时间，并依法支付加班费。
- 劳动者有权拒绝用人单位的违法加班要求，并可向劳动监察部门投诉。
二、综合计算工时制度或不定时工时制度下的合法性分析
如果用人单位实行的是综合计算工时制度或不定时工时制度，且已经依法向劳动行政部门申请并获得了批准，那么劳动合同中约定上6天班可能是合法的。但这种情况下，用人单位仍需确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并依法支付加班费（如适用）。
具体分析：
- 综合计算工时制度：以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 不定时工时制度：因工作性质、特点或工作职责的限制，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用，但用人单位应确保劳动者休息休假的权利。
建议：
- 用人单位应依法申请并获得综合计算工时制度或不定时工时制度的批准。
- 劳动者应了解自己的工时制度，并确保用人单位依法支付加班费（如适用）。
三、最低工资标准的考量
无论实行何种工时制度，用人单位支付给劳动者的工资都不得低于当地最低工资标准。如果劳动合同中约定的工资3500元低于当地最低工资标准，那么这种约定是违法的。
具体分析：
- 最低工资标准：各地根据经济发展水平、职工平均工资、就业状况等因素确定，用人单位应确保支付给劳动者的工资不低于该标准。
- 工资构成：工资应包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币性收入。
建议：
- 劳动者应了解当地的最低工资标准，并确保自己的工资不低于该标准。
- 用人单位应依法支付劳动者工资，不得低于最低工资标准。
四、实际操作中的注意事项
- 劳动合同条款：劳动合同中应明确约定工时制度、工作时间、工资构成及支付方式等关键条款。
- 加班记录：用人单位应建立加班记录制度，确保加班时间的准确记录和加班费的依法支付。
- 劳动者权益保护：劳动者应了解自己的权益，如遇用人单位违法安排加班或未支付加班费等情况，可向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结：劳动合同中约定工资3500元，上6天班是否合法，需结合具体的工时制度、加班情况以及是否符合最低工资标准等因素来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。