总公司中标后委托分公司施工并开票结算，在符合一定条件下是合法的，但需谨慎操作以避免法律风险。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性分析
合同主体与实际施工主体的关系
- 总公司作为中标方和合同签订主体，自然承担合同项下的权利和义务。
- 分公司作为总公司的分支机构，虽不具有独立法人资格，但在总公司的授权和监督下，可以参与施工活动。
- 关键点：若招标文件或合同条款明确禁止中标人将项目交由分公司实施，则总公司需严格遵守，不得擅自委托分公司施工。
避免非法转包或违法分包
- 分公司参与施工应基于合法的内部分包或委托协议，明确双方的权利义务，确保施工活动的合法性和合规性。
- 风险点：若未签订合法协议或协议内容存在瑕疵，可能构成非法转包或违法分包，从而面临法律处罚。
发票开具的合规性
- 发票应由提供劳务或服务的一方（即实际施工方，如分公司）向接受服务的一方（如发包方或总公司）开具。
- 操作建议：分公司若具备独立开票资格，可直接向发包方或总公司开具发票；若不具备独立开票资格，则应通过总公司统一开票，并在公司内部进行结算。
二、税务处理建议
确保合同关系清晰
- 在合同中明确约定总公司与分公司的关系，以及各自在项目中扮演的角色和承担的责任，为税务处理提供明确依据。
规范发票开具流程
- 分公司应以其名义向发包方或总公司开具发票，并遵循相关税务规定，确保发票内容真实、准确、完整。
- 注意事项：加强发票管理，避免出现虚开发票等违规行为，以免引发税务风险。
加强税务管理
- 总公司和分公司应建立健全的税务管理制度，确保税务申报和缴纳及时、准确，降低税务风险。
- 建议：定期进行税务自查和风险评估，及时发现并解决潜在的税务问题。
三、合同管理建议
明确合同主体
- 虽然分公司进行施工，但合同主体仍然是总公司与发包方。总公司应对分公司的施工行为负责，确保合同履行。
合同变更与补充
- 如涉及分公司施工开票等情况，建议总公司与发包方协商，对合同条款进行适当变更或补充说明，明确分公司在项目中的地位和职责，以及发票开具等相关事宜。
四、法律风险提示
合同违约风险
- 分公司未能按约完成施工任务或存在其他违约行为，可能导致总公司面临合同违约责任。因此，总公司应加强对分公司的监督和管理，确保施工质量和进度。
税务稽查风险
- 不规范的发票开具和税务处理可能引发税务部门的稽查和处罚。企业应严格遵守相关税务规定，确保税务处理的合规性，避免不必要的法律纠纷。
声誉风险
- 不合规的操作可能影响总公司和分公司的商业信誉和声誉。企业应注重合规经营，维护良好的企业形象，为长期发展奠定基础。
总结与建议：总公司中标后委托分公司施工并开票结算，在符合法律法规和合同约定的情况下是合法的。但企业应谨慎操作，加强合同管理、税务管理和内部监督，确保所有行为均符合法律法规要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业服务。