约定加班费计算的协议是否有效，需视具体情况而定。以下从多个角度为你详细分析：
一、协议有效的情形
双方自愿协商且内容合法：
- 协议是用人单位与劳动者在平等自愿、充分协商的基础上达成的，不存在强迫签订的情况。例如，双方经过友好沟通，就加班时间、加班费计算方式等条款达成一致。
- 协议内容必须不违反法律法规的强制性规定。具体来说，加班费计算基数不得低于当地最低工资标准，加班时长需符合法律规定的上限（一般每日不得超过3小时，每月不得超过36小时），且加班费的支付比例应符合法定要求（平时加班150%，周末加班200%，法定节假日加班300%）。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十四条对加班费的支付标准作了明确规定，这是判断协议内容是否合法的重要依据。
条款明确具体：
- 协议应对加班费相关事项有清晰明确的约定，包括加班的认定标准、加班费的计算方法、支付时间等。例如，明确规定“平时加班按照小时工资的150%计算加班费，加班时间以实际打卡记录为准，加班费在次月工资发放日一并支付”。
符合法律规定的形式要件：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，行为人需具有相应的民事行为能力，意思表示需真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
二、协议可能无效的情形
违反法律强制规定：
- 若协议约定的加班费计算基数过低，低于当地最低工资标准；或约定用人单位无需支付法定节假日加班费等，这些条款因违反法律强制性规定而无效。
- 举例：若协议约定休息日加班仅支付100%的工资，这明显低于法律规定的200%标准，因此该约定无效。
存在欺诈、胁迫等手段：
- 若用人单位通过欺诈、胁迫等手段使劳动者在违背真实意思的情况下签订协议，该协议无效。例如，用人单位欺骗劳动者说签订协议后会有高额奖金，但实际上协议内容是大幅降低加班费标准；或以辞退威胁劳动者签订不合理的加班费协议。
显失公平：
- 若协议内容明显对劳动者一方极不公平，如约定劳动者加班时间极长但加班费极低，与劳动者付出的劳动严重不匹配，这种情况下协议可能被认定无效。
三、协议执行与维权建议
- 执行问题：即便存在有效的加班费协议，若实际执行过程中用人单位未按照协议约定支付加班费，劳动者依然有权通过合法途径维护自身权益，要求用人单位补足加班费。
- 维权途径：如果用人单位违反规定延长劳动者工作时间或拒不支付加班费，劳动行政部门可给予警告、责令改正，并可以处以罚款。劳动者还可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来维护自身合法权益。
总结与建议：约定加班费的协议在符合一定条件下是有效的，但具体条款需合法、合理，并充分保障劳动者的权益。劳动者在签订协议时应仔细审查条款内容，确保自身权益得到妥善保护；在协议执行过程中如遇问题，应及时通过法律途径维权。如果你有具体的协议内容或遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。