运输动物车辆未走指定通道的，将面临责令改正、罚款等行政处罚，情节严重的还可能面临更严厉的处罚措施。具体分析如下：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《中华人民共和国动物防疫法》第五十一条规定，运输动物应当经指定通道进入省、自治区、直辖市，并接受动物卫生监督检查站的查验。若违反该规定，依据《动物防疫法》第一百零二条，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，处三千元以上三万元以下罚款；情节严重的，责令停业整顿，并处三万元以上十万元以下罚款。

2. 处罚的考量因素

   • 违法情节轻重：若仅为首次违规且未造成动物疫病传播风险，通常按最低档处罚（三千元至三万元）；若多次违规或存在逃避检查、伪造证明等行为，则可能按情节严重处罚（三万元至十万元）。
     
   • 危害后果：若因未走指定通道导致动物疫病扩散，可能触犯《刑法》第三百三十七条“妨害动植物防疫、检疫罪”，面临三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     
   • 主观过错：故意违规（如明知故犯）与过失违规（如疏忽未注意标识）的处罚力度可能存在差异，但法律未明确区分，实践中以客观行为及后果为主。

3. 执法程序与救济途径

   • 处罚流程：农业农村主管部门发现违法行为后，会先下达《责令改正通知书》，要求限期整改；逾期未改或拒不配合的，直接作出罚款决定。
     
   • 听证权利：若罚款金额超过一万元，当事人有权要求举行听证，对处罚事实、依据提出异议。
     
   • 行政复议与诉讼：对处罚决定不服的，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼。

建议：若您或您的企业涉及此类情况，需立即停止违法行为，主动配合调查并补办相关手续，以争取从轻处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对措施。