未通过指定通道运输动物的处罚地点，通常是由违法行为发生地的相关部门进行处罚，即通道所在地处罚，而非货物始发地。以下从几个方面进行详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，运输动物应当遵守国家有关动物防疫的规定，通过指定的通道或者经过报告，并接受动物卫生监督机构的监督检查。如果未按照这一规定执行，就构成了违法行为。在行政处罚的管辖上，一般遵循“违法行为发生地”原则，即由违法行为发生地的行政机关进行管辖和处罚。
二、违法行为发生地的确定
在这个问题中，“未通过指定通道运输动物”的违法行为发生地，显然是动物实际运输过程中未经过指定通道的地点，也就是通道所在地。货物始发地虽然与运输活动有关，但并不是违法行为实际发生的地方，因此通常不会作为处罚地点。
三、实际操作与考虑因素
便于调查与取证：通道所在地的相关部门更接近违法行为现场，便于进行调查和取证工作，从而更准确地认定违法事实和适用法律。
有效遏制违法行为：在通道所在地进行处罚，可以更直接地对违法行为人产生威慑作用，有效遏制类似违法行为的再次发生。
维护公共利益：动物防疫关系到公共卫生安全和社会稳定，通过在通道所在地进行处罚，可以更好地维护公共利益和社会秩序。
四、特殊情况与例外
虽然一般情况下是由通道所在地进行处罚，但也存在一些特殊情况或例外。例如，如果货物始发地与通道所在地属于同一行政区域，或者违法行为涉及多个地区且难以确定具体发生地时，可能会由共同的上级行政机关指定管辖。不过，这些情况并不改变“违法行为发生地”作为一般原则的地位。
建议：在实际操作中，如果遇到未通过指定通道运输动物的情况，建议立即与当地的动物卫生监督机构或相关部门联系，了解具体的处罚规定和程序。同时，作为运输方或货主，应当严格遵守国家有关动物防疫的规定，确保运输活动的合法性和安全性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。