违反《动物防疫法》未经过指定通道运输动物，处罚的是运输人。具体分析如下：

根据《中华人民共和国动物防疫法》第一百零二条的规定：“违反本法规定，通过道路跨省、自治区、直辖市运输动物，未经省、自治区、直辖市人民政府设立的指定通道入省境或者过省境的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门对运输人处五千元以上一万元以下罚款；情节严重的，处一万元以上五万元以下罚款。”

这里的“运输人”是指实际负责运输动物的个人或单位，他们应当承担起确保动物运输符合防疫要求的责任。如果运输人未按照法律规定经过指定通道运输动物，就将面临相应的法律处罚。

因此，在违反《动物防疫法》未经过指定通道运输动物的情况下，处罚的是运输人，而不是车辆备案人员。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，建议及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。