针对您提出的“运输动物未使用指定车辆怎么处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规及实际案例为您提供的详细解答：

一、法律法规依据

根据《中华人民共和国动物防疫法》第五十二条第三款的规定：“从事动物运输的单位、个人以及车辆，应当向所在地县级人民政府农业农村主管部门备案。”这一条款明确要求了从事动物运输的车辆必须进行备案。

二、违法行为及处罚

若违反上述规定，即未经备案从事动物运输，将依据《中华人民共和国动物防疫法》第九十八条第三项进行处罚：“违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，处三千元以上三万元以下罚款；情节严重的，责令停业整顿，并处三万元以上十万元以下罚款：（三）未经备案从事动物运输的。”

三、实际案例参考

1. 案例一：桃江县陈平使用未经备案车辆从事动物运输案

   • 事实：陈平使用未经备案的银灰色小货车运输生猪。
   • 处理：被桃江县农业农村局查获，并依据相关法律法规处以罚款3800元，同时责令立即停止违法行为并备案车辆。

2. 案例二：山东某县宋某某车辆未经备案从事动物运输案

   • 事实：宋某某使用未经备案的蓝色货车运输未佩戴畜禽标识的生猪。
   • 处理：被山东某县农业农村局查获，并依据相关法律法规及自由裁量基准处以罚款（具体金额未详细说明，但符合三千元以上一万元以下的处罚范围）。

四、处罚的考量因素

在具体处罚时，农业农村主管部门会综合考虑以下因素：

• 违法行为的性质、情节及危害程度；
• 当事人是否初次违法、是否配合调查及改正情况；
• 当地自由裁量基准的规定。

五、建议与警示

1. 及时备案：从事动物运输的单位、个人及车辆应提前向所在地县级人民政府农业农村主管部门备案，确保合法合规运输。
2. 依法经营：在运输动物时，务必携带动物检疫合格证明及车辆备案证明，以备查验。
3. 警示意义：未经备案从事动物运输易造成动物疫病的传播扩散，不仅可能面临民事责任，严重者还可能触犯《刑法》，需追究刑事责任。

综上所述，运输动物未使用指定车辆（即未经备案的车辆）将面临严厉的行政处罚。为了确保合法合规经营，避免不必要的法律风险，建议您务必遵守相关法律法规，及时办理车辆备案手续。