农民土地被非法占用建厂房，可通过以下途径依法维权：

1. 确认土地性质与权属
   首先需明确土地性质（如耕地、宅基地、集体建设用地等）及权属归属。根据《土地管理法》，耕地保护红线不可突破，若厂房占用的是基本农田或承包地，可能涉嫌违法用地；若土地已依法转为建设用地并办理审批手续，则需进一步核查程序合法性。建议携带土地承包合同、权属证书等材料，向当地自然资源局（原国土局）申请信息公开，确认土地规划用途及审批状态。

2. 分情况处理违法占地行为

   • 若厂房未办理任何审批手续：
     根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除建筑物并恢复原状。可向当地自然资源局举报，要求其履行查处职责；若部门不作为，可依法提起行政诉讼或申请行政复议。
     
   • 若厂房已办理部分审批但存在程序违法（如未履行“占补平衡”义务、未公示听证等）：
     可要求撤销相关审批文件，并依据《行政许可法》第六十九条申请行政复议或提起诉讼，主张审批行为违法。
     
   • 若厂房涉及“以租代征”等变相占用行为：
     根据《国务院关于加强土地调控有关问题的通知》，禁止通过“以租代征”方式使用农民集体所有土地进行非农业建设。此类合同因违反法律强制性规定无效，可要求返还土地并赔偿损失。

3. 主张民事赔偿与行政补偿

   • 民事赔偿：若土地被占用导致农作物损失、承包经营权收益减少，可依据《民法典》第一千一百六十五条，以侵权为由向法院起诉厂房建设方，要求赔偿土地占用期间的损失（如租金、农作物收益等）。
     
   • 行政补偿：若土地被依法征收但补偿未到位，可依据《土地管理法》第四十八条，要求政府按照“区片综合地价”标准支付土地补偿费、安置补助费及地上附着物补偿费。

4. 联合其他权利人共同维权
   若涉及多人土地被占用，可推选代表与政府协商或提起集体诉讼，降低维权成本。同时，可向当地农业农村局、纪委监委等部门反映情况，形成监督合力。

行动建议：

1. 立即收集证据（如土地照片、承包合同、政府文件、沟通记录等）；
   
2. 向自然资源局提交书面举报材料，要求查处违法占地行为；
   
3. 若部门未在60日内履行查处职责，可向其上级机关申请行政复议或直接起诉；
   
4. 同步咨询律师，制定诉讼策略并评估赔偿金额。
   

土地是农民生存的根本，法律对违法占地行为有严格规制。建议优先通过行政途径推动问题解决，若效果不佳，再通过法律程序维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。