结论：劳务派遣合同中约定工伤保险基金免赔部分由用工单位承担，在符合法律规定且不违反强制性规定的情况下是合法的，但需注意合同条款的公平性及实际履行中的风险分配。以下从不同角度展开分析：

1. 法律框架下的责任划分

根据《劳动合同法》第五十八条及《劳务派遣暂行规定》第十条，劳务派遣单位（用人单位）应当依法为被派遣劳动者缴纳工伤保险，并承担工伤保险责任。若发生工伤，工伤保险基金支付范围内的费用由基金承担，超出部分或免赔部分（如停工留薪期工资、一次性伤残就业补助金等）的承担主体需依据合同约定或法律规定确定。

• 若合同明确约定由用工单位承担：该约定属于双方意思自治范畴，不违反法律强制性规定（如《劳动合同法》第九十二条未禁止此类约定），因此合法有效。
  
• 若合同未约定或约定不明：根据《民法典》第五百一十条，应由劳务派遣单位与用工单位协商补充；协商不成时，可能依据公平原则或行业惯例分配责任，但实践中易引发纠纷。

2. 合同条款的合法性边界

即使合同约定用工单位承担免赔部分，仍需满足以下条件：

• 不免除劳务派遣单位的法定义务：劳务派遣单位作为用人单位，仍需履行缴纳工伤保险、申请工伤认定等法定义务，不得通过合同将全部责任转嫁给用工单位。
  
• 条款公平性：若免赔部分金额过高或用工单位无过错（如劳动者故意违规导致工伤），可能因显失公平被撤销或调整（《民法典》第一百五十一条）。
  
• 劳动者权益保护：无论责任如何分配，劳动者均有权直接向劳务派遣单位主张工伤待遇，劳务派遣单位不得以合同约定为由拒绝支付（《工伤保险条例》第十七条）。

3. 实践中的风险与建议

• 对用工单位：
  
  • 签订合同时应明确免赔部分的具体范围（如是否包括护理费、辅助器具费等），避免模糊表述；
    
  • 要求劳务派遣单位提供工伤保险缴费凭证，确保保险覆盖；
    
  • 考虑购买补充工伤保险或雇主责任险，转移潜在风险。
    
• 对劳务派遣单位：
  
  • 不得以“免赔部分由用工单位承担”为由拒绝履行法定义务（如申请工伤认定、垫付医疗费）；
    
  • 应在合同中约定用工单位未履行支付义务时的追偿权，保障自身权益。
    
• 对劳动者：
  
  • 发生工伤后，可同时向劳务派遣单位和用工单位主张权利（《劳动合同法》第九十二条）；
    
  • 若对责任分配有异议，可申请劳动仲裁或提起诉讼，由法院或仲裁机构根据合同及法律规定裁决。

总结：此类约定合法性取决于合同内容是否违反法律强制性规定、是否公平合理，以及是否保障劳动者权益。建议用工单位与劳务派遣单位在合同中细化条款，并咨询专业律师审核，以降低法律风险。如有具体案件或合同文本需要分析，可直接向我提问。