核心结论：合作意向金超过合作期限的处理方式需根据双方约定及法律规定综合判断，具体可分为以下几种情况：

1. 双方有明确约定
   若合作协议或意向书中明确约定了意向金的性质（如定金、订金、诚意金等）、合作期限及超期处理方式（如自动转为违约金、没收、返还等），则应优先按约定执行。例如：

   • 若约定“超期未签约则意向金不予退还”，且该条款不违反法律强制性规定（如未显失公平），则守约方有权按约处理；
     
   • 若约定“超期后意向金转为违约金”，需注意违约金金额不得超过实际损失的30%，否则可能被法院调整。

2. 双方无明确约定或约定模糊
   若协议未明确约定超期处理方式，则需根据意向金的性质及法律规定处理：

   • 定金性质：若意向金被认定为“定金”（需满足书面约定+实际交付+不超过主合同标的20%），则超期未签约时，支付方违约的，收受方有权没收定金；收受方违约的，需双倍返还定金（《民法典》第587条）。
     
   • 非定金性质：若意向金仅为预付款或诚意金，超期未签约时，收受方应全额返还，除非能证明支付方存在过错导致合作失败（如恶意拖延签约）。

3. 超期后的协商与诉讼

   • 协商解决：建议双方优先通过协商明确意向金的处理方式，避免纠纷升级。
     
   • 诉讼/仲裁：若协商不成，可依据协议中的争议解决条款（如仲裁条款）或向法院起诉，由法院根据合同履行情况、双方过错程度等综合判定意向金的归属。

实务建议：

• 签订合作协议时，务必明确意向金的性质、金额、合作期限及超期处理方式，避免模糊表述；
  
• 若已支付意向金且超期未签约，及时与对方沟通并留存书面证据（如聊天记录、邮件等），以备后续维权；
  
• 若涉及大额意向金，建议委托律师审核协议条款，降低法律风险。
  

如有具体协议文本或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。