在行政诉讼中，程序违法、适用法律错误、事实认定错误的认定依据可以归纳为以下几个方面：
程序违法的认定依据
- 法定程序缺失或违反：行政机关在作出行政行为时，必须遵循法律规定的程序。若行政机关未按照法定程序进行，如未依法告知当事人权利、未举行听证会、未听取当事人陈述申辩等，即构成程序违法。
- 程序顺序颠倒或遗漏：行政程序的进行需遵循一定的顺序和步骤，若行政机关在程序进行中颠倒了顺序或遗漏了关键步骤，同样构成程序违法。
- 超期作出行政行为：法律对行政机关作出行政行为的期限有明确规定，若行政机关超过法定期限作出行政行为，也构成程序违法。
适用法律错误的认定依据
- 法律适用对象错误：行政机关必须准确认定处罚对象的主体资格，避免对不具备独立承担法律责任能力的分支机构进行处罚，而应指向具有法人资格的总公司。同时，应明确区分并准确查明各主体的违法行为，避免对无辜主体进行错误处罚。
- 法律规范选择错误：根据违法行为的性质，选择正确的法律规范进行处罚。若行政机关应适用此法律却适用彼法律，或适用已失效、未生效的法律，或在上位法与下位法冲突时未优先适用上位法，均构成法律规范选择错误。
- 法律条文适用错误：行政机关需准确引用与违法行为性质、情节相符的法律条文，避免条款引用错误或未全面适用法律条文。例如，若法律条文规定了多个处罚幅度或种类，行政机关需根据违法行为的具体情况选择合适的处罚幅度和种类。
- 法律解释错误：行政机关在解释法律条文时，需遵循合法性原则、合理性原则、目的性原则等法律解释原则，避免对法律概念理解偏差或违背法律解释原则导致的法律适用错误。
事实认定错误的认定依据
- 证据不足或证据不充分：行政机关在作出行政行为时，必须依据充分、确凿的证据。若行政机关仅凭主观臆断或缺乏充分证据支持即作出行政行为，即构成事实认定错误。
- 证据采信错误：行政机关在采信证据时，需遵循证据规则，确保所采信的证据真实、合法、有效。若行政机关采信了虚假、违法或无效的证据，或未采信应当采信的证据，同样构成事实认定错误。
- 事实推断错误：行政机关在根据证据推断事实时，需遵循逻辑规则和经验法则。若行政机关的推断缺乏逻辑性或违背经验法则，导致事实认定错误，也构成行政行为违法。
在行政诉讼中，若原告认为行政机关的程序违法、适用法律错误或事实认定错误，需提供充分的证据予以证明。法院在审理行政诉讼案件时，会全面审查行政机关的行政行为，包括程序是否合法、法律适用是否正确、事实认定是否准确等。若法院认定行政机关的行政行为存在上述错误之一，即会判决撤销或变更该行政行为，以维护原告的合法权益。
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