公安机关在特定情形下可以认定虚开发票，但通常需结合税务机关的行政认定或司法机关的最终裁判。具体分析如下：

1. 公安机关的调查权与认定边界
   根据《刑事诉讼法》及《发票管理办法》，公安机关在侦查虚开发票类刑事案件时，有权对发票的真实性、交易背景、资金流向等展开调查。若证据充分（如伪造的合同、资金回流记录、无实际货物运输等），公安机关可初步认定虚开发票行为涉嫌犯罪，并移送检察机关审查起诉。但需注意：

   • 公安机关的“认定”属于刑事侦查阶段的初步判断，不直接产生行政法律效果；
     
   • 最终是否构成虚开发票罪，需由法院依据《刑法》第205条及司法解释裁判。

2. 税务机关的行政认定优先性
   在行政程序中，虚开发票的认定权属于税务机关。根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》，税务机关可通过稽查程序，结合发票流、货物流、资金流“三流不一致”等证据，作出《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》，明确认定虚开发票行为。此时：

   • 若公安机关已介入刑事侦查，税务机关的行政认定可作为刑事证据使用；
     
   • 若行政认定在前，公安机关可依据该结论启动刑事程序，但仍需独立收集犯罪证据。

3. “行刑衔接”中的认定逻辑
   实践中，虚开发票案件常呈现“先行政后刑事”或“行刑并行”的特点。例如：

   • 税务机关在稽查中发现虚开线索后，将案件移送公安机关，并附《已证实虚开通知单》等证据；
     
   • 公安机关立案后，需进一步调查犯罪主观故意（如是否以骗税为目的）、虚开金额等要件，最终以刑事标准认定犯罪。

建议：若您涉及虚开发票相关争议，需区分行政程序与刑事程序的不同认定标准。如需进一步分析具体案情（如发票类型、虚开金额、主观目的等），可直接向我咨询，我将结合《刑法》《税收征收管理法》及相关司法解释为您详细解答。