结论：已经鉴定为部分丧失劳动能力且不在职的员工，其证书是否还能被单位使用，这主要取决于证书的性质、使用目的以及单位与员工之间的具体约定或相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
证书性质与使用目的：
- 如果证书是员工个人通过考试或培训获得的，且该证书与员工的个人技能或资质直接相关（如职业资格证书、技能等级证书等），那么通常情况下，这些证书属于员工个人财产，单位无权直接使用，除非得到员工的明确授权。
- 如果证书是单位为了特定项目或业务需要，为员工申请或办理的（如某些特定行业的从业许可证，且该许可证与员工在单位的工作岗位紧密相关），那么单位在使用这些证书时可能需要遵循特定的规定或协议。但在员工不在职的情况下，单位继续使用这些证书可能涉及法律风险，除非有明确的法律规定或双方约定允许。
单位与员工之间的约定：
- 如果员工在离职时与单位签订了相关协议，明确约定了证书的使用权限、期限或条件等，那么单位应遵守这些约定。如果协议中允许单位在员工离职后继续使用其证书，那么单位可以在约定范围内使用。
- 如果双方没有签订相关协议或协议中未涉及证书使用问题，那么单位在使用员工证书时应谨慎行事，避免侵犯员工的合法权益。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，员工享有劳动权益保护，包括个人隐私和财产权的保护。单位在使用员工证书时，应确保不侵犯员工的这些权益。
- 如果单位未经员工同意擅自使用其证书，可能构成侵权行为，员工有权要求单位停止侵权、赔偿损失等。
建议：
- 对于单位而言，如果确实需要使用已离职员工的证书，应首先与员工进行沟通协商，明确使用权限、期限和条件等，并签订书面协议以避免法律风险。
- 对于员工而言，如果发现单位未经同意擅自使用其证书，应及时与单位沟通并要求停止侵权行为。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助以维护自己的合法权益。
后续行动：
- 如果您是单位方，建议尽快与已离职员工联系，就证书使用问题进行协商并签订书面协议。
- 如果您是员工方，且发现单位未经同意擅自使用您的证书，请及时与单位沟通并保留相关证据，以便在必要时维护自己的权益。
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